More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2273 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 294 aa  584  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 296 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 301 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  51.57 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 295 aa  255  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 295 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 324 aa  246  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 318 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  48.33 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.27 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 319 aa  168  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  31 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  31.76 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.42 
 
 		 293 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.58 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.14 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 312 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000270616  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 312 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  36.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  126  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.49 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 337 aa  125  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>