More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0969 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 
302 aa  620  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  100 
 
 
302 aa  620  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 
302 aa  618  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  78.15 
 
 
302 aa  507  1e-142  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  70.71 
 
 
302 aa  450  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  70.71 
 
 
305 aa  450  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  67.79 
 
 
300 aa  424  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  67.45 
 
 
300 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.57 
 
 
317 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  65.41 
 
 
294 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 
309 aa  362  6e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  58.59 
 
 
306 aa  350  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 
301 aa  348  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 
306 aa  348  8e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
302 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
302 aa  343  3e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
302 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 
302 aa  342  6e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 
302 aa  339  3e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  53.11 
 
 
307 aa  338  5e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  55.85 
 
 
320 aa  335  5e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
299 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 
307 aa  332  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
299 aa  332  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
299 aa  332  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 
307 aa  332  4e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  52.81 
 
 
307 aa  332  4e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 
299 aa  332  7e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 
299 aa  332  7e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 
299 aa  332  7e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 
299 aa  332  7e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  51.45 
 
 
314 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
299 aa  330  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  51.13 
 
 
314 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 
314 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 
314 aa  329  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 
320 aa  328  7e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 
309 aa  319  4e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  45.79 
 
 
335 aa  293  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 
296 aa  282  4e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
299 aa  269  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 
305 aa  267  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
297 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  42.18 
 
 
295 aa  249  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 
299 aa  246  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 
304 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
293 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
297 aa  218  8e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
335 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
303 aa  214  1e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.59 
 
 
299 aa  214  2e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
322 aa  213  3e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
307 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
322 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
302 aa  210  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
313 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
303 aa  209  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 
327 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.44 
 
 
305 aa  208  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
303 aa  208  9e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
299 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 
300 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
300 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
304 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
300 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.5 
 
 
309 aa  205  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
307 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
306 aa  203  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
304 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
295 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
301 aa  202  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.46 
 
 
307 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
298 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
313 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.79 
 
 
302 aa  201  9e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 
306 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 
306 aa  201  1e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  37.58 
 
 
300 aa  201  1e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
309 aa  201  1e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 
308 aa  201  2e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
310 aa  201  2e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
296 aa  201  2e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.21 
 
 
303 aa  200  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
300 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
302 aa  199  4e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 
300 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
298 aa  198  8e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
297 aa  198  1e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.15 
 
 
295 aa  197  2e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
299 aa  197  2e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
300 aa  197  2e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
300 aa  196  4e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 
305 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
302 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
302 aa  195  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  33.88 
 
 
301 aa  195  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
298 aa  195  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  37.58 
 
 
299 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 
298 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>