More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1864 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 218 aa  447  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  67.48 
 
 		 216 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  56.19 
 
 		 215 aa  245  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  47.66 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  49.26 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  48.78 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  45.97 
 
 		 223 aa  205  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 210 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 		 210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 210 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  50 
 
 		 239 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 210 aa  194  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 210 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 210 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  48.69 
 
 		 231 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 210 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 210 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  44.44 
 
 		 223 aa  190  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  43.69 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 210 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 214 aa  188  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  43.06 
 
 		 224 aa  185  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 192 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 210 aa  185  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2244  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 192 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 212 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  45.67 
 
 		 218 aa  180  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 212 aa  178  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  41.4 
 
 		 221 aa  177  8e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2131  regulatory protein, TetR  39.81 
 
 		 218 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00771887  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4904  TetR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 231 aa  174  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  39.72 
 
 		 241 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 222 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 227 aa  171  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 224 aa  169  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 224 aa  169  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0377  TetR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.528926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 247 aa  168  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 242 aa  168  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2347  transcriptional regulator, TetR family  39.52 
 
 		 223 aa  167  8e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123383  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 237 aa  167  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 237 aa  167  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  37.79 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 216 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3448  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 230 aa  165  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 211 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2247  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 232 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 232 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 232 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2401  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 223 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853887 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 232 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 232 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 241 aa  162  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  36.46 
 
 		 215 aa  162  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
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NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 215 aa  161  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 248 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 255 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 223 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  40.57 
 
 		 263 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 233 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal  1 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 270 aa  149  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_2513  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 214 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.988711 
 
 
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