80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0278 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  100 
 
 		 325 aa  662    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  71.33 
 
 		 315 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  54.58 
 
 		 329 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  56.7 
 
 		 320 aa  348  5e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  53.49 
 
 		 329 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0764  lipopolysaccharide biosynthesis  52.3 
 
 		 307 aa  346  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0283751  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  51.27 
 
 		 320 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.82 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  50.49 
 
 		 328 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.44 
 
 		 325 aa  338  9e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  50.83 
 
 		 324 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  54.26 
 
 		 325 aa  335  5e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  52.33 
 
 		 328 aa  333  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  49.54 
 
 		 326 aa  331  8e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  50.79 
 
 		 321 aa  329  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  49.67 
 
 		 324 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2262  chain length determinant protein  51.31 
 
 		 327 aa  315  5e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0523506  decreased coverage  0.000488654 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  51 
 
 		 318 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2669  lipopolysaccharide biosynthesis  51.42 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2090  chain length determinant family protein  47.49 
 
 		 322 aa  283  4.0000000000000003e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.77217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  41.84 
 
 		 317 aa  268  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2132  chain length determinant protein  37.15 
 
 		 340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.104216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.25 
 
 		 355 aa  76.6  0.0000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  42.86 
 
 		 716 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001117  tyrosine-protein kinase wzc  31.78 
 
 		 721 aa  63.9  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0502594  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.64 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  23.08 
 
 		 343 aa  53.1  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.39 
 
 		 463 aa  52.8  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  36.21 
 
 		 377 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24 
 
 		 422 aa  50.1  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.71 
 
 		 362 aa  49.7  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  45.59 
 
 		 370 aa  49.3  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  36.21 
 
 		 377 aa  49.3  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3057  ferric enterobactin transport protein FepE  35.09 
 
 		 377 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  38.6 
 
 		 723 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  24.93 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  24.93 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00543  hypothetical protein  35.09 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.589908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0638  ferric enterobactin transport protein FepE  35.09 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0673  ferric enterobactin transport protein FepE  35.09 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00554  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  35.09 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  24.93 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3039  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.09 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.443281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  35.09 
 
 		 377 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1298  tyrosine kinase  38.6 
 
 		 724 aa  47.4  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661567  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  24.38 
 
 		 405 aa  47.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1585  non-specific protein-tyrosine kinase  30.67 
 
 		 724 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.31457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  47.73 
 
 		 398 aa  45.4  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1969  O-antigen chain length regulator  23.68 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  31.76 
 
 		 489 aa  45.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.41 
 
 		 407 aa  44.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  34.67 
 
 		 726 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0642  ferric enterobactin transport protein FepE  35.62 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.412553  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1630  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.13 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203783  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0701  ferric enterobactin transport protein FepE  35.62 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0747  ferric enterobactin transport protein FepE  35.62 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0628  ferric enterobactin transport protein FepE  35.62 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0685  ferric enterobactin transport protein FepE  35.62 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01929  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  39.13 
 
 		 327 aa  43.5  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0580  tyrosine-protein kinase  45.59 
 
 		 759 aa  43.5  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.298329  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1674  lipopolysaccharide biosynthesis  23.99 
 
 		 364 aa  43.5  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01915  hypothetical protein  39.13 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5116  exopolysaccharide transport protein family  47.62 
 
 		 755 aa  43.5  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2960  chain length determinant protein  39.13 
 
 		 325 aa  43.5  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000740001 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1615  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.13 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.626955  normal  0.791839 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1033  chain length determinant protein  39.13 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.205095 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  40.43 
 
 		 723 aa  43.1  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2318  chain length determinant protein  39.13 
 
 		 344 aa  43.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1205  chain length determinant protein  39.13 
 
 		 344 aa  43.1  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.747059  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2639  lipopolysaccharide biosynthesis protein  42.22 
 
 		 332 aa  42.7  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  25.41 
 
 		 740 aa  42.7  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2258  chain length determinant protein  40.91 
 
 		 327 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0308231 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  20.95 
 
 		 406 aa  42.4  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>