41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1674 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1674  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 364 aa  741    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23360  O-antigen chain length regulator  28.35 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000253152  hitchhiker  0.00753817 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1969  O-antigen chain length regulator  27.02 
 
 		 349 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1681  lipopolysaccharide biosynthesis  25.2 
 
 		 365 aa  97.1  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1368  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.97 
 
 		 347 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128596 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  28.38 
 
 		 753 aa  54.7  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2639  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.27 
 
 		 332 aa  53.1  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0159  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  20.89 
 
 		 341 aa  53.1  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  22.84 
 
 		 329 aa  51.6  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1571  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.28 
 
 		 371 aa  50.1  0.00006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.647884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0642  ferric enterobactin transport protein FepE  22.49 
 
 		 378 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.412553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52130  hypothetical protein  35.48 
 
 		 442 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.986693  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  22.97 
 
 		 328 aa  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0685  ferric enterobactin transport protein FepE  22.49 
 
 		 378 aa  49.7  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4572  hypothetical protein  32.58 
 
 		 455 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227382  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0628  ferric enterobactin transport protein FepE  23.04 
 
 		 378 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.1 
 
 		 324 aa  48.5  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  24.4 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  23.87 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.4 
 
 		 328 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  23.03 
 
 		 329 aa  48.5  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.69 
 
 		 321 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0701  ferric enterobactin transport protein FepE  22.76 
 
 		 378 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3036  ferric enterobactin transport protein FepE  21.8 
 
 		 383 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.177075  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3057  ferric enterobactin transport protein FepE  22.55 
 
 		 377 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1257  ferric enterobactin transport protein FepE  21.8 
 
 		 383 aa  47  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000394328  hitchhiker  0.0000000226828 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  23.14 
 
 		 377 aa  47  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3177  ferric enterobactin transport protein FepE  21.8 
 
 		 383 aa  46.6  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00554  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  22.34 
 
 		 377 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00543  hypothetical protein  22.34 
 
 		 377 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.589908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0673  ferric enterobactin transport protein FepE  22.34 
 
 		 377 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.24 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  21.74 
 
 		 324 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0638  ferric enterobactin transport protein FepE  22.07 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3039  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.07 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.443281  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  41.67 
 
 		 280 aa  44.3  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.12 
 
 		 320 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6020  capsular exopolysaccharide family  48.08 
 
 		 736 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  23.99 
 
 		 325 aa  43.5  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2255  protein-tyrosine kinase  32.74 
 
 		 736 aa  43.5  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.962919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06667  hypothetical protein  28.57 
 
 		 716 aa  42.7  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>