35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1368 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1368  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 347 aa  695    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128596 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1969  O-antigen chain length regulator  38.97 
 
 		 349 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23360  O-antigen chain length regulator  37.7 
 
 		 360 aa  219  7e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000253152  hitchhiker  0.00753817 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1674  lipopolysaccharide biosynthesis  27.32 
 
 		 364 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1681  lipopolysaccharide biosynthesis  22.69 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2639  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.25 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4572  hypothetical protein  23.06 
 
 		 455 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227382  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1205  chain length determinant protein  20.92 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.747059  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2960  chain length determinant protein  21.26 
 
 		 325 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000740001 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  23.6 
 
 		 405 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  23.6 
 
 		 405 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  23.6 
 
 		 405 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2318  chain length determinant protein  20.63 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4199  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  22.63 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4149  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  21.28 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  38.33 
 
 		 320 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4130  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  22.91 
 
 		 348 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4145  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  22.91 
 
 		 348 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4307  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  22.91 
 
 		 348 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  52.78 
 
 		 328 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4248  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  22.91 
 
 		 348 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1033  chain length determinant protein  20.98 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.205095 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  24.79 
 
 		 405 aa  43.9  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2307  chain length determinant protein  19.89 
 
 		 327 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0598886 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1630  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.98 
 
 		 326 aa  43.5  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203783  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52130  hypothetical protein  25.17 
 
 		 442 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.986693  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.79 
 
 		 324 aa  43.1  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  36.17 
 
 		 747 aa  42.7  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4136  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4296  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4002  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0658934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5218  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.813852  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03663  Entobacterial Common Antigen (ECA) polysaccharide chain length modulation protein  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0114437  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03612  hypothetical protein  20.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>