252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1760 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 86 aa  177  4e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  67.44 
 
 		 90 aa  126  8.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  68.6 
 
 		 90 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  78.26 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1381  RNA chaperone Hfq  55.95 
 
 		 80 aa  100  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497044  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 		 84 aa  91.7  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 86 aa  88.2  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  51.85 
 
 		 82 aa  87.8  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  53.25 
 
 		 86 aa  86.7  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  52.11 
 
 		 83 aa  85.9  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  48.19 
 
 		 86 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  48.19 
 
 		 86 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  48.19 
 
 		 86 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  48.19 
 
 		 86 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 83 aa  83.6  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  49.38 
 
 		 98 aa  83.6  9e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  48.72 
 
 		 85 aa  82.8  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  51.25 
 
 		 88 aa  82  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 		 74 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  59.09 
 
 		 82 aa  82.8  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  46.34 
 
 		 79 aa  82.4  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  48.78 
 
 		 84 aa  82  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  51.25 
 
 		 88 aa  82  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 77 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 86 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 77 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 77 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 		 75 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  48.65 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 80 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  44.58 
 
 		 86 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 86 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  51.39 
 
 		 77 aa  80.9  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 92 aa  80.5  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  54.84 
 
 		 80 aa  80.5  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  52.7 
 
 		 74 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  49.32 
 
 		 83 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  48.24 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 86 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 74 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  49.3 
 
 		 76 aa  80.1  0.000000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  52.11 
 
 		 80 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  46.15 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 77 aa  80.1  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  46.15 
 
 		 84 aa  79  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  51.39 
 
 		 82 aa  79  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  57.14 
 
 		 92 aa  79  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  48.68 
 
 		 84 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  58.33 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  45.88 
 
 		 87 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  58.33 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  46.84 
 
 		 85 aa  78.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  48.68 
 
 		 84 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  43.24 
 
 		 84 aa  78.2  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 82 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  44.19 
 
 		 85 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77.8  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  56.06 
 
 		 160 aa  77.4  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 83 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  48 
 
 		 90 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  41.86 
 
 		 90 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  48.57 
 
 		 80 aa  77.4  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  41.86 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  41.86 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  44.87 
 
 		 89 aa  77  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  41.86 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  41.86 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  45.35 
 
 		 89 aa  77  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  45.88 
 
 		 87 aa  77  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  77  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  44.71 
 
 		 82 aa  76.6  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  47.89 
 
 		 86 aa  77  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  76.6  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  45.88 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  44.58 
 
 		 83 aa  76.3  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>