More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2580 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  100 
 
 		 174 aa  358  2e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  72.99 
 
 		 174 aa  259  8.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  66.28 
 
 		 177 aa  241  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  66.28 
 
 		 177 aa  237  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  66.28 
 
 		 177 aa  237  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  64.12 
 
 		 173 aa  230  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  64.33 
 
 		 187 aa  223  9e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  57.74 
 
 		 174 aa  199  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  57.06 
 
 		 175 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  55.95 
 
 		 171 aa  194  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  57.06 
 
 		 175 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  55.36 
 
 		 171 aa  191  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  55.21 
 
 		 175 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  57.06 
 
 		 175 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  52.05 
 
 		 177 aa  184  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  51.79 
 
 		 187 aa  180  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  49.7 
 
 		 172 aa  179  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  51.79 
 
 		 187 aa  180  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  56.41 
 
 		 176 aa  174  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  51.18 
 
 		 193 aa  174  8e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  50 
 
 		 175 aa  173  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  52.12 
 
 		 175 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  55.36 
 
 		 172 aa  169  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  53.05 
 
 		 196 aa  168  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  51.83 
 
 		 178 aa  167  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  49.42 
 
 		 174 aa  167  6e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  45.65 
 
 		 188 aa  166  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  51.18 
 
 		 180 aa  166  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  50.3 
 
 		 177 aa  166  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  47.88 
 
 		 175 aa  165  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  47.09 
 
 		 187 aa  165  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  49.7 
 
 		 168 aa  164  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  48.81 
 
 		 171 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  49.4 
 
 		 171 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  49.7 
 
 		 168 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  48.81 
 
 		 171 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  54.25 
 
 		 173 aa  163  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  49.1 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  53.29 
 
 		 188 aa  161  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  48.5 
 
 		 168 aa  160  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  49.4 
 
 		 170 aa  160  8.000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  49.1 
 
 		 168 aa  160  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  47.65 
 
 		 172 aa  159  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  49.4 
 
 		 170 aa  159  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  48.82 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  49.12 
 
 		 173 aa  158  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  48.17 
 
 		 167 aa  158  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  48.5 
 
 		 168 aa  157  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  49.7 
 
 		 168 aa  157  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  51.83 
 
 		 171 aa  157  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  49.7 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  49.7 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  49.7 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  49.7 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  49.12 
 
 		 170 aa  157  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  49.7 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  49.12 
 
 		 170 aa  157  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  49.12 
 
 		 170 aa  157  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  51.79 
 
 		 167 aa  157  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  47.9 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  51.79 
 
 		 167 aa  156  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  49.11 
 
 		 169 aa  156  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  51.79 
 
 		 167 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  49.1 
 
 		 168 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  49.7 
 
 		 171 aa  155  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  49.4 
 
 		 167 aa  156  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  49.7 
 
 		 168 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  50 
 
 		 168 aa  155  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  49.1 
 
 		 168 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  51.2 
 
 		 170 aa  155  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  50 
 
 		 170 aa  154  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  50 
 
 		 170 aa  154  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  47.02 
 
 		 173 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0024  peptide deformylase  48.82 
 
 		 170 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  51.79 
 
 		 181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  47.65 
 
 		 167 aa  154  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  47.34 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  154  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  46.63 
 
 		 167 aa  154  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  50 
 
 		 170 aa  154  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  45.96 
 
 		 171 aa  154  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  51.19 
 
 		 167 aa  154  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  50.6 
 
 		 168 aa  154  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  50.6 
 
 		 168 aa  154  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  50.6 
 
 		 168 aa  154  8e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196537 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  50 
 
 		 168 aa  153  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  50.32 
 
 		 173 aa  153  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  49.69 
 
 		 167 aa  153  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  47.93 
 
 		 169 aa  153  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  48.52 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  50 
 
 		 179 aa  152  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  51.19 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  47.93 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  51.19 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>