More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3316 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
608 aa  1211  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  5.71786e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.35 
 
 
621 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.53 
 
 
600 aa  448  1e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.58 
 
 
596 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  45.83 
 
 
593 aa  419  1e-115  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.91 
 
 
598 aa  414  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.78 
 
 
592 aa  412  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.84 
 
 
630 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.37 
 
 
622 aa  407  1e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.44 
 
 
605 aa  407  1e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.61 
 
 
610 aa  392  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.57 
 
 
609 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  43.87 
 
 
610 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.18 
 
 
608 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.55 
 
 
608 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.22 
 
 
608 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  39.66 
 
 
592 aa  358  1e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.5 
 
 
612 aa  353  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.5 
 
 
592 aa  343  7e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.5 
 
 
592 aa  342  8e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.5 
 
 
592 aa  342  8e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  38 
 
 
600 aa  339  1e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.04 
 
 
601 aa  338  2e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 
598 aa  338  2e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.41 
 
 
597 aa  337  3e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.16 
 
 
590 aa  320  5e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 
603 aa  315  1e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  33.33 
 
 
723 aa  285  1e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  33.11 
 
 
710 aa  268  2e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  31.06 
 
 
653 aa  246  7e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  31.76 
 
 
639 aa  241  4e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 
572 aa  200  5e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  35.23 
 
 
500 aa  198  2e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.06 
 
 
517 aa  199  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  35.23 
 
 
500 aa  198  2e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.87 
 
 
517 aa  197  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.14 
 
 
517 aa  197  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.33 
 
 
517 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  33.67 
 
 
501 aa  195  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 
708 aa  195  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.49 
 
 
517 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.15 
 
 
534 aa  193  6e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.15 
 
 
534 aa  193  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 
502 aa  191  3e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  1.44188e-05 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 
522 aa  191  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.17 
 
 
545 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 
512 aa  188  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  32.85 
 
 
512 aa  187  4e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.81 
 
 
550 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  28.06 
 
 
517 aa  186  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.47 
 
 
535 aa  185  2e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 
549 aa  184  4e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.06 
 
 
522 aa  184  5e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.87 
 
 
505 aa  184  5e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.06 
 
 
522 aa  183  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  28.06 
 
 
522 aa  183  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  36.76 
 
 
503 aa  183  9e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 
551 aa  182  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.87 
 
 
522 aa  182  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.67 
 
 
517 aa  181  3e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.87 
 
 
517 aa  181  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 
539 aa  177  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.08 
 
 
538 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
518 aa  171  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.93 
 
 
517 aa  170  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.7 
 
 
516 aa  170  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.34 
 
 
537 aa  167  4e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 
552 aa  167  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.53 
 
 
518 aa  167  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 
535 aa  166  9e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  27.39 
 
 
536 aa  166  1e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  28.45 
 
 
547 aa  165  2e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5900  acyl-CoA synthetase  31.4 
 
 
543 aa  164  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.53 
 
 
517 aa  163  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 
544 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 
532 aa  160  5e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  31.16 
 
 
551 aa  160  7e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
525 aa  160  8e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
662 aa  158  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11768  acyl-CoA synthetase  30.49 
 
 
532 aa  155  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  3.65626e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
520 aa  156  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 
517 aa  154  6e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5209  acyl-CoA synthetase  32.1 
 
 
554 aa  153  8e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.71 
 
 
509 aa  152  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 
495 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2305  acyl-CoA synthetase  30.16 
 
 
525 aa  150  6e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.918677 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 
513 aa  150  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
498 aa  150  9e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.54 
 
 
510 aa  147  7e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.54 
 
 
510 aa  147  8e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.05 
 
 
510 aa  146  9e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.36 
 
 
510 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.25 
 
 
521 aa  146  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4341  acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 
526 aa  146  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227386  normal  0.0335846 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.05 
 
 
510 aa  146  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  25.68 
 
 
514 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.36 
 
 
510 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.36 
 
 
510 aa  145  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  29.63 
 
 
537 aa  145  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 
509 aa  144  4e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>