More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11610 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11610  permease component of ABC-type sugar transporter  100 
 
 
311 aa  609  1e-173  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.117578  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6585  lactose transport system (permease)  41.44 
 
 
306 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
316 aa  206  5e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
316 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
315 aa  204  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000228392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
308 aa  203  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172129  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
316 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
298 aa  197  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
316 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0497455  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
305 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
335 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0186858  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 
316 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
291 aa  193  3e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29330  permease component of ABC-type sugar transporter  36.05 
 
 
321 aa  191  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
300 aa  189  4e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
306 aa  189  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.157384  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  39.72 
 
 
320 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.64 
 
 
328 aa  187  2e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0926617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
299 aa  186  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1100  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
311 aa  185  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0016702  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.02 
 
 
275 aa  183  3e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
318 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
309 aa  183  3e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  39.45 
 
 
294 aa  183  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
316 aa  182  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.2607 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396467  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
297 aa  182  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185813 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
312 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.633875  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
315 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0308401  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.913769 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
316 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.637107  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
321 aa  179  5.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
292 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  37.72 
 
 
293 aa  179  7e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
317 aa  178  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.10809  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
306 aa  177  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
313 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
303 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12077  sugar ABC transporter membrane protein  39.05 
 
 
300 aa  178  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
338 aa  178  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00254991 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
318 aa  177  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000473727  hitchhiker  0.00124128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
318 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.152531  normal  0.26367 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
307 aa  177  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  38.49 
 
 
321 aa  177  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
293 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  37.33 
 
 
307 aa  177  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
293 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1290  ABC transporter, permease protein  32.96 
 
 
311 aa  176  3e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
328 aa  176  4e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
356 aa  176  5e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
308 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.14 
 
 
301 aa  175  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
353 aa  175  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
322 aa  175  8e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.946878  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  39.36 
 
 
293 aa  175  9e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3307  sugar transport system (permease)  33.57 
 
 
325 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7172  sugar transport system (permease)  38.46 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0204  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497209  normal  0.169553 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
299 aa  172  5e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000030377  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  34.81 
 
 
315 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
320 aa  172  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.253823  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
283 aa  172  5e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
329 aa  172  5.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.811614  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
316 aa  172  5.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.194369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
300 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
308 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.58 
 
 
314 aa  172  7.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
286 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453278  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
306 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0841  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.92 
 
 
337 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.203798 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 
287 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
321 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
314 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  170  2e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
317 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
302 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08410  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.55 
 
 
379 aa  170  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.166742 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  170  2e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
330 aa  170  3e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.21265 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
346 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.073402  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
286 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728774  normal  0.302995 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
313 aa  169  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
299 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
320 aa  169  5e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
279 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.232459 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
323 aa  169  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000203032 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
294 aa  169  7e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
294 aa  169  7e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
294 aa  169  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>