269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2176 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  87.8 
 
 
369 aa  672  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.12189e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  86.92 
 
 
367 aa  661  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  6.18336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  95.1 
 
 
367 aa  720  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  87.8 
 
 
369 aa  672  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.59973e-05  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  87.53 
 
 
369 aa  670  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  99.74 
 
 
384 aa  789  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.77901e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  87.8 
 
 
369 aa  672  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  97.66 
 
 
388 aa  774  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.746e-08  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  100 
 
 
384 aa  791  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.67525e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  70.49 
 
 
369 aa  550  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.46325e-06  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  71.7 
 
 
371 aa  547  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.15292e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  71.55 
 
 
370 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  69.32 
 
 
368 aa  537  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.20269e-07  hitchhiker  3.05333e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  71.43 
 
 
369 aa  534  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.80385e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  70.88 
 
 
371 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.03666e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  66.94 
 
 
369 aa  518  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.49434e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  42.78 
 
 
400 aa  306  4e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  42.39 
 
 
379 aa  296  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  43.72 
 
 
374 aa  285  8e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  42.2 
 
 
375 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  42.2 
 
 
375 aa  278  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  42.2 
 
 
375 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  42.2 
 
 
375 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  42.2 
 
 
375 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  42.2 
 
 
375 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  42.78 
 
 
375 aa  277  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  42.93 
 
 
371 aa  275  7e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  42.93 
 
 
371 aa  275  7e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  40.16 
 
 
385 aa  268  9e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  7.96428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  42.16 
 
 
374 aa  268  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.42967e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  40.49 
 
 
381 aa  266  7e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  41.53 
 
 
384 aa  264  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1668  ribonuclease D  42.03 
 
 
369 aa  263  5e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680665  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  37.99 
 
 
382 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  39.84 
 
 
375 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.19147e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  39.84 
 
 
375 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  7.40588e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  39.84 
 
 
375 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.13579e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  39.57 
 
 
375 aa  259  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  8.54063e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  39.57 
 
 
375 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  40 
 
 
374 aa  258  9e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  39.55 
 
 
373 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.37804e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  39.55 
 
 
373 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.28628e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  39.55 
 
 
373 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  41.19 
 
 
373 aa  253  4e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  37.1 
 
 
388 aa  248  9e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.136e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  39.52 
 
 
403 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  38.89 
 
 
390 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.08089e-09  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  37.37 
 
 
381 aa  245  9e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.4851e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  35.96 
 
 
386 aa  221  2e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  34.16 
 
 
377 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  33.42 
 
 
377 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  34.25 
 
 
377 aa  219  8e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  32.97 
 
 
377 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  38.08 
 
 
396 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  32.78 
 
 
377 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.96 
 
 
377 aa  209  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  34.71 
 
 
393 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  34.99 
 
 
374 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  32.05 
 
 
377 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  32.05 
 
 
377 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  32.69 
 
 
375 aa  193  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  31.68 
 
 
388 aa  191  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  31.81 
 
 
392 aa  186  5e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  34.78 
 
 
358 aa  184  2e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  39.54 
 
 
379 aa  184  2e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  34.62 
 
 
381 aa  184  3e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  33.33 
 
 
389 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.73 
 
 
399 aa  181  3e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  30.39 
 
 
384 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32.3 
 
 
392 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  32.34 
 
 
392 aa  176  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.06 
 
 
394 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  30.83 
 
 
385 aa  172  6e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  36.03 
 
 
395 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.35 
 
 
385 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.89 
 
 
384 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  36.19 
 
 
427 aa  170  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.35 
 
 
385 aa  170  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  31.1 
 
 
382 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  31.37 
 
 
386 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  32.21 
 
 
395 aa  167  3e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  30.25 
 
 
375 aa  166  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  30.96 
 
 
383 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  38.52 
 
 
386 aa  166  6e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  4.81962e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  31.18 
 
 
383 aa  164  2e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  34.62 
 
 
405 aa  163  5e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  29.41 
 
 
388 aa  162  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.9 
 
 
384 aa  162  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.9 
 
 
384 aa  162  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  31.72 
 
 
385 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  29.2 
 
 
405 aa  161  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  33.7 
 
 
381 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  34.29 
 
 
385 aa  160  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.86 
 
 
381 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.19 
 
 
392 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  38.13 
 
 
386 aa  159  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.33 
 
 
384 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  34.26 
 
 
391 aa  157  4e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  37.4 
 
 
385 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.92 
 
 
382 aa  156  5e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>