More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3892 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 288 aa  598  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3532  LysR family transcriptional regulator  84.75 
 
 		 288 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0258  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 288 aa  507  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.489347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2149  LysR family transcriptional regulator  84.4 
 
 		 294 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269804  normal  0.274984 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2226  LysR family transcriptional regulator  84.75 
 
 		 294 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0492432  normal  0.299524 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0258  LysR family transcriptional regulator  84.4 
 
 		 289 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  82.17 
 
 		 295 aa  490  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0276  transcriptional regulator, LysR family protein  83.39 
 
 		 287 aa  487  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160059  hitchhiker  0.0000019997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 291 aa  480  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 283 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 316 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  31.62 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 284 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.08 
 
 		 332 aa  128  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  27.76 
 
 		 287 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 284 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 287 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 283 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 282 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 282 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5812  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.81 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 291 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  27.44 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>