More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5812 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5812  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  97.86 
 
 		 302 aa  551  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  53.64 
 
 		 295 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  52.77 
 
 		 294 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  52.87 
 
 		 291 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3793  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 291 aa  251  7e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4575  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 291 aa  251  7e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5730  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 288 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.859731  normal  0.701128 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 305 aa  152  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.44 
 
 		 284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0673  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123933  decreased coverage  0.00380612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.46 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  30.97 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  31.13 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 285 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  31.8 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 291 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  28.09 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 322 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 285 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0276  transcriptional regulator, LysR family protein  28.95 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160059  hitchhiker  0.0000019997 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 323 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0258  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 292 aa  108  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>