More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1404 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 311 aa  639    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  66.88 
 
 		 311 aa  457  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  63.01 
 
 		 320 aa  429  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  63.55 
 
 		 302 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 324 aa  320  3e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  48.04 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 300 aa  275  9e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 310 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 308 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 211 aa  269  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 308 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 309 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  41.81 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 323 aa  248  9e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 302 aa  239  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  235  8e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 304 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  38.51 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 309 aa  225  7e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 323 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 331 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 331 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.02 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  33.79 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 327 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>