255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1272 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 196 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  69.33 
 
 		 160 aa  228  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  60.22 
 
 		 193 aa  214  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  73.61 
 
 		 175 aa  118  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  69.88 
 
 		 82 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  69.88 
 
 		 82 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  71.83 
 
 		 83 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  71.83 
 
 		 82 aa  116  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  68.67 
 
 		 82 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 		 90 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  70.42 
 
 		 106 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  67.47 
 
 		 82 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  77.27 
 
 		 82 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  78.46 
 
 		 98 aa  115  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  70.37 
 
 		 82 aa  114  7.999999999999999e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  70.37 
 
 		 82 aa  114  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  70.83 
 
 		 77 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  63.41 
 
 		 92 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  69.01 
 
 		 84 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  73.24 
 
 		 79 aa  112  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  69.01 
 
 		 84 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  74.63 
 
 		 77 aa  111  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  74.63 
 
 		 77 aa  111  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  74.63 
 
 		 77 aa  111  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  69.01 
 
 		 84 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  69.01 
 
 		 84 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  69.01 
 
 		 83 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  69.01 
 
 		 84 aa  112  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  74.63 
 
 		 77 aa  110  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  61.9 
 
 		 83 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  73.85 
 
 		 84 aa  109  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  66.67 
 
 		 82 aa  108  5e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  65.28 
 
 		 82 aa  107  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  52.75 
 
 		 109 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  66.18 
 
 		 78 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  66.18 
 
 		 78 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  66.18 
 
 		 78 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  65.15 
 
 		 80 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  65.15 
 
 		 80 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  65.15 
 
 		 80 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  63.08 
 
 		 79 aa  95.1  5e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  55.29 
 
 		 85 aa  88.6  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 84 aa  86.3  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  49.4 
 
 		 91 aa  85.1  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  63.93 
 
 		 80 aa  85.5  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  63.93 
 
 		 80 aa  85.5  5e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  57.14 
 
 		 92 aa  84  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  55.41 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  55.41 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  54.22 
 
 		 83 aa  83.2  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  50.62 
 
 		 94 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  53.33 
 
 		 85 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  57.14 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  55.71 
 
 		 92 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  56.52 
 
 		 91 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  53.75 
 
 		 89 aa  82  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  54.29 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  53.03 
 
 		 83 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  56.72 
 
 		 83 aa  82  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 93 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 102 aa  80.9  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 99 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 99 aa  80.5  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 86 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  56.34 
 
 		 88 aa  80.5  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  56.34 
 
 		 88 aa  80.5  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  48.86 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 99 aa  80.5  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  53.03 
 
 		 82 aa  80.5  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  60.94 
 
 		 83 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 103 aa  80.9  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  49.41 
 
 		 82 aa  80.9  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 101 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 101 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  60.94 
 
 		 99 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  52.94 
 
 		 74 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 101 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  48.84 
 
 		 83 aa  80.1  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>