More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0002 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  100 
 
 		 75 aa  153  7e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  64.86 
 
 		 77 aa  98.6  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.29 
 
 		 81 aa  84.3  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 230 aa  68.2  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  53.97 
 
 		 77 aa  67  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  53.97 
 
 		 77 aa  67  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 72 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 72 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 78 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 71 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 71 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.71 
 
 		 72 aa  62.8  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  46.88 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 101 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 96 aa  62  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 154 aa  62.4  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 77 aa  61.2  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 76 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  42.86 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 78 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 101 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 83 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 73 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 57 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 79 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 88 aa  55.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 73 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 73 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 85 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 86 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 112 aa  54.7  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 74 aa  55.1  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  42.19 
 
 		 185 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 93 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 93 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 97 aa  53.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 82 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 191 aa  53.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 74 aa  53.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 83 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  36.23 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  40.91 
 
 		 70 aa  51.6  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  52 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>