More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0955 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  88.77 
 
 		 375 aa  700    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  88.77 
 
 		 375 aa  697    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  87.7 
 
 		 375 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  88.5 
 
 		 375 aa  699    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  88.77 
 
 		 375 aa  700    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  98.4 
 
 		 375 aa  761    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  83.2 
 
 		 375 aa  660    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  88.5 
 
 		 375 aa  699    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  87.97 
 
 		 375 aa  689    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 		 376 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  88.24 
 
 		 375 aa  692    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  98.4 
 
 		 375 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  88.77 
 
 		 375 aa  696    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  97.86 
 
 		 375 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  97.86 
 
 		 375 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  74.13 
 
 		 375 aa  579  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  74.19 
 
 		 376 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.92 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.92 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.21 
 
 		 376 aa  558  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.4 
 
 		 375 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.48 
 
 		 376 aa  553  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.17 
 
 		 384 aa  430  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.16 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.6 
 
 		 377 aa  420  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 		 390 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.58 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.32 
 
 		 390 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 		 390 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.37 
 
 		 358 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.46 
 
 		 379 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 		 384 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 		 384 aa  411  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.05 
 
 		 384 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  50.4 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.14 
 
 		 375 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  49.21 
 
 		 379 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.2 
 
 		 375 aa  363  4e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.7 
 
 		 382 aa  357  9.999999999999999e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.76 
 
 		 379 aa  355  1e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  47.87 
 
 		 374 aa  352  4e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  44.28 
 
 		 411 aa  331  1e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.07 
 
 		 376 aa  323  3e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.13 
 
 		 372 aa  321  9.999999999999999e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.54 
 
 		 388 aa  282  8.000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.78 
 
 		 413 aa  277  2e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  44.2 
 
 		 403 aa  248  1e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.47 
 
 		 485 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  29.71 
 
 		 489 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  31.02 
 
 		 470 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  32.46 
 
 		 495 aa  173  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  28.35 
 
 		 458 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  28.35 
 
 		 458 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  28.91 
 
 		 493 aa  172  7.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  28.02 
 
 		 460 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.07 
 
 		 493 aa  171  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  28.09 
 
 		 458 aa  169  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  28.09 
 
 		 458 aa  169  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  28.09 
 
 		 458 aa  169  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  28.61 
 
 		 458 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  27.84 
 
 		 454 aa  167  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  27.84 
 
 		 458 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  25.13 
 
 		 458 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  27.84 
 
 		 454 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  27.58 
 
 		 458 aa  164  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  25.59 
 
 		 459 aa  160  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  25.59 
 
 		 459 aa  160  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.59 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  25.59 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  25.59 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.59 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  25.59 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  25.26 
 
 		 459 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  25.26 
 
 		 459 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  25.2 
 
 		 459 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  26.99 
 
 		 460 aa  153  5e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  28.01 
 
 		 459 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  26.33 
 
 		 554 aa  152  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.31 
 
 		 457 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  28.66 
 
 		 572 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  30.87 
 
 		 457 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  26.92 
 
 		 468 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  27.76 
 
 		 447 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  27.99 
 
 		 459 aa  146  5e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1308  RNA methyltransferase, TrmA family  27.98 
 
 		 467 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  25.93 
 
 		 452 aa  146  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  28.72 
 
 		 472 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.6 
 
 		 455 aa  145  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  25.53 
 
 		 454 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2258  RNA methyltransferase, TrmA family  27.04 
 
 		 456 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0702589  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  27.02 
 
 		 480 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0413  RNA methyltransferase  26.29 
 
 		 451 aa  142  7e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  27.51 
 
 		 468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  28.24 
 
 		 466 aa  139  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  27.45 
 
 		 479 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.37 
 
 		 401 aa  138  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  28.27 
 
 		 453 aa  137  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  25.2 
 
 		 453 aa  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  27.04 
 
 		 471 aa  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  25.2 
 
 		 453 aa  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>