249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0015 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 206 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  64.65 
 
 		 203 aa  270  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  64.85 
 
 		 204 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  63.24 
 
 		 207 aa  265  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  64.18 
 
 		 204 aa  265  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  63.37 
 
 		 204 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  62.87 
 
 		 210 aa  261  4e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  63.37 
 
 		 204 aa  261  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  62.8 
 
 		 218 aa  259  1e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  62.38 
 
 		 204 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  61.69 
 
 		 209 aa  255  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  62.87 
 
 		 203 aa  255  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  62.63 
 
 		 203 aa  254  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  61.39 
 
 		 204 aa  254  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  59.31 
 
 		 206 aa  253  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  63.05 
 
 		 204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  60.1 
 
 		 205 aa  252  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  59.5 
 
 		 216 aa  252  3e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  60.4 
 
 		 204 aa  251  5.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  63.05 
 
 		 204 aa  251  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  62.12 
 
 		 204 aa  251  6e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  63.05 
 
 		 204 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  59.31 
 
 		 206 aa  250  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  59.61 
 
 		 205 aa  249  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  59.61 
 
 		 205 aa  249  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  62.07 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  60.4 
 
 		 204 aa  248  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  60.1 
 
 		 209 aa  248  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  60 
 
 		 204 aa  248  5e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  59.62 
 
 		 209 aa  246  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  58.82 
 
 		 206 aa  246  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  61.62 
 
 		 204 aa  245  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  58.62 
 
 		 205 aa  245  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  61 
 
 		 206 aa  244  4.9999999999999997e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  63.32 
 
 		 205 aa  244  6.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  59.42 
 
 		 208 aa  243  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  58.94 
 
 		 208 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  60 
 
 		 204 aa  242  3e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  57.64 
 
 		 205 aa  238  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  58.45 
 
 		 208 aa  237  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  58.13 
 
 		 205 aa  234  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  57.49 
 
 		 208 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  56.65 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  55.45 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  54.19 
 
 		 206 aa  221  4.9999999999999996e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  57.92 
 
 		 213 aa  212  2.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  51.61 
 
 		 211 aa  184  6e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  50 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  47.85 
 
 		 210 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  47.85 
 
 		 210 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  48.66 
 
 		 209 aa  174  7e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  48.13 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  47.21 
 
 		 207 aa  169  2e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  49.73 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  44.09 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  43.43 
 
 		 211 aa  154  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  45.41 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  42.16 
 
 		 213 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  42.7 
 
 		 211 aa  149  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  47.4 
 
 		 214 aa  149  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  41.33 
 
 		 211 aa  147  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  41.15 
 
 		 214 aa  144  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  40.1 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  49.03 
 
 		 212 aa  139  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  37.5 
 
 		 550 aa  89.4  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  33.13 
 
 		 386 aa  86.7  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  33.99 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  36.11 
 
 		 392 aa  82  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  29.33 
 
 		 382 aa  81.3  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  31.4 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  34.42 
 
 		 399 aa  79.7  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  31.74 
 
 		 381 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  33.54 
 
 		 381 aa  79  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.65 
 
 		 381 aa  78.6  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  33.33 
 
 		 393 aa  78.6  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  32.05 
 
 		 405 aa  78.2  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  29.44 
 
 		 385 aa  78.2  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2009  ribonuclease D  34.73 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  29.65 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.78 
 
 		 385 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  33.78 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  30.6 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  29.75 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  28.99 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  33.33 
 
 		 358 aa  76.6  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  34.16 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  33.11 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  33.11 
 
 		 371 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  33.11 
 
 		 371 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  33.11 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.33 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.61 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  33.11 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  33.11 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.33 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  33.11 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  33.11 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  28.99 
 
 		 377 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  27.27 
 
 		 384 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  35.14 
 
 		 374 aa  75.9  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>