114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0327 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  100 
 
 		 269 aa  557  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  75.37 
 
 		 272 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  54.1 
 
 		 327 aa  294  1e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  50.82 
 
 		 327 aa  285  8e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  52.61 
 
 		 773 aa  272  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  52.51 
 
 		 675 aa  270  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  52.82 
 
 		 675 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.41 
 
 		 689 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  51.61 
 
 		 691 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  53.25 
 
 		 669 aa  263  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.21 
 
 		 699 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  51.81 
 
 		 712 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  53.81 
 
 		 708 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  53.81 
 
 		 698 aa  261  6e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  54.55 
 
 		 728 aa  261  8.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.25 
 
 		 726 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  53.68 
 
 		 721 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  50.59 
 
 		 721 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  50.59 
 
 		 694 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  47.62 
 
 		 303 aa  251  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  46.59 
 
 		 311 aa  245  4e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  48.73 
 
 		 308 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  74.82 
 
 		 139 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  43.29 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  42.98 
 
 		 352 aa  205  7e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  44.31 
 
 		 329 aa  205  7e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  43.69 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  42.86 
 
 		 304 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  42.67 
 
 		 304 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  43.8 
 
 		 329 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  40.61 
 
 		 369 aa  195  8.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  40.61 
 
 		 357 aa  194  9e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  38.99 
 
 		 358 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  34.92 
 
 		 331 aa  189  5e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  39.69 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  41.44 
 
 		 327 aa  185  6e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  41.15 
 
 		 291 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  40.68 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  45.05 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  39.34 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  40.93 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  44.59 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  40.81 
 
 		 317 aa  171  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  37.34 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  36.33 
 
 		 306 aa  169  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  40.38 
 
 		 337 aa  169  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  38.08 
 
 		 361 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  35.74 
 
 		 355 aa  159  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  36.4 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  41.26 
 
 		 343 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  38.5 
 
 		 407 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 407 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  38.98 
 
 		 343 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  34.73 
 
 		 346 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  37.16 
 
 		 353 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  35.25 
 
 		 355 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  35.25 
 
 		 355 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  36.78 
 
 		 351 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  36.05 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  36.02 
 
 		 352 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  34.87 
 
 		 355 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  36.78 
 
 		 351 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  33.21 
 
 		 350 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  56.92 
 
 		 130 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  34.91 
 
 		 372 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  81.58 
 
 		 79 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  37.91 
 
 		 671 aa  140  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  35.94 
 
 		 363 aa  135  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 343 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  31.4 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  41.09 
 
 		 181 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  30.93 
 
 		 347 aa  96.7  4e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  30.93 
 
 		 347 aa  95.9  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  30.93 
 
 		 347 aa  96.3  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  46.15 
 
 		 125 aa  85.5  9e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  29.51 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  27.42 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  26.29 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2754  Cytochrome c-like protein  29.03 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0564833  hitchhiker  0.0019216 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  33.72 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  28.02 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  28.38 
 
 		 286 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  28.69 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0814  sulfur oxidation protein SoxA  30.37 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022188  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  28.34 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  28.69 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.67 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.67 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  26.83 
 
 		 286 aa  50.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  35.29 
 
 		 296 aa  49.3  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  27.7 
 
 		 285 aa  48.9  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  35.4 
 
 		 217 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  29.07 
 
 		 182 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  29.07 
 
 		 182 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  30.89 
 
 		 290 aa  46.6  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  27.74 
 
 		 289 aa  46.2  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  26.98 
 
 		 284 aa  45.8  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  25.93 
 
 		 259 aa  45.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6959  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  29.51 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0338469 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>