64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4153 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  100 
 
 		 290 aa  604  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3915  secreted protein-like protein  61.85 
 
 		 285 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.536069 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2804  diheme cytochrome c  58.42 
 
 		 284 aa  333  3e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.244051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  48.13 
 
 		 274 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  47.01 
 
 		 288 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7671  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  34.55 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  34.65 
 
 		 258 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  34.25 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1154  putative cytochrome c  35.59 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.689886  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6959  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  31.25 
 
 		 262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  31.66 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  31.66 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  33.94 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  32.64 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  30.73 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  32.23 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1908  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  30.81 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000720789  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0601  sulfur oxidation protein SoxA  32.57 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0517322  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0814  sulfur oxidation protein SoxA  29.55 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022188  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  28.86 
 
 		 285 aa  99.4  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  28.44 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0564  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  27.43 
 
 		 281 aa  94  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000710636  normal  0.452243 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4256  hypothetical protein  27.2 
 
 		 272 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.430021  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0918  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.16 
 
 		 278 aa  89.4  6e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.222213  normal  0.890143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4961  hypothetical protein  28.7 
 
 		 273 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379362  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  27.19 
 
 		 275 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3126  hypothetical protein  25.88 
 
 		 273 aa  85.9  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3454  hypothetical protein  25.88 
 
 		 273 aa  85.5  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4372  hypothetical protein  28.7 
 
 		 272 aa  85.5  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.692073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1670  hypothetical protein  28.38 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3256  hypothetical protein  28.63 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0857  hypothetical protein  26.84 
 
 		 271 aa  83.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.798826  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2281  hypothetical protein  27.95 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.870849  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  25.76 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1522  hypothetical protein  26.78 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.56386 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1034  hypothetical protein  26.81 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.53712  normal  0.936486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3130  hypothetical protein  25.76 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0237199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1594  hypothetical protein  27.51 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0731663  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0805  hypothetical protein  27.48 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2627  hypothetical protein  28.25 
 
 		 271 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3449  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.11 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  27.02 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  28.44 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1948  hypothetical protein  25.11 
 
 		 484 aa  75.9  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  25 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3780  hypothetical protein  29.28 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0313  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  22.68 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450378  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0432  hypothetical protein  27.84 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  23.74 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2434  hypothetical protein  25.86 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  25.91 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  26.62 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2859  hypothetical protein  22.12 
 
 		 263 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  26.39 
 
 		 269 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.13 
 
 		 689 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  29.27 
 
 		 272 aa  46.6  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  28.74 
 
 		 181 aa  46.2  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  25.55 
 
 		 669 aa  44.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  28.35 
 
 		 773 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2754  Cytochrome c-like protein  21.28 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0564833  hitchhiker  0.0019216 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  27.78 
 
 		 728 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  26.19 
 
 		 708 aa  43.9  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  37.66 
 
 		 351 aa  42.4  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  37.66 
 
 		 352 aa  42.4  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>