More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0088 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0088  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  100 
 
 
215 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462277  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0080  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  97.21 
 
 
215 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0231  putative (homoserine/homoserine lactone) efflux transmembrane protein  85.05 
 
 
211 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.61981 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3965  LysE family translocator protein  70.89 
 
 
207 aa  260  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1657  LysE family protein  70.89 
 
 
207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3088  LysE family translocator protein  70.89 
 
 
207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2886  LysE family protein  70.89 
 
 
207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0104  LysE family protein  70.89 
 
 
207 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.063661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3462  LysE family translocator protein  70.89 
 
 
207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.531352  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3201  LysE family protein  71.23 
 
 
207 aa  252  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3883  LysE family translocator protein  70.42 
 
 
207 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2456  lysine exporter protein LysE/YggA  58.17 
 
 
205 aa  228  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010294  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1754  lysine exporter protein LysE/YggA  49.53 
 
 
211 aa  202  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3206  lysine exporter protein LysE/YggA  53.55 
 
 
208 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.84476  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  46.26 
 
 
206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  50.24 
 
 
211 aa  158  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  49.76 
 
 
211 aa  154  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  47.8 
 
 
204 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  45.28 
 
 
210 aa  151  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1394  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  45.93 
 
 
207 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  45.93 
 
 
208 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2358  putative lysine exporter protein  49.76 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  37.56 
 
 
204 aa  142  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1345  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  47.62 
 
 
208 aa  139  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123136  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1344  putative threonine efflux protein  32.51 
 
 
205 aa  124  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.115554  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5434  lysine exporter protein LysE/YggA  44.61 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  37.62 
 
 
208 aa  118  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1618  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 
209 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360682  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  34.63 
 
 
211 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0202  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.12 
 
 
159 aa  105  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  34.13 
 
 
211 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.67 
 
 
213 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.19 
 
 
213 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1710  lysine exporter protein LysE/YggA  39.49 
 
 
209 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  35.27 
 
 
206 aa  102  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  34.12 
 
 
211 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3909  lysine exporter protein LysE/YggA  33.5 
 
 
210 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806528  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.29 
 
 
211 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2220  lysine exporter protein LysE/YggA  35.05 
 
 
213 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181241  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  33.49 
 
 
211 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.45 
 
 
208 aa  97.8  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.5 
 
 
205 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  33.18 
 
 
211 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  33.49 
 
 
213 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4624  lysine exporter protein LysE/YggA  39.05 
 
 
213 aa  97.1  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.629112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  34.3 
 
 
205 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0582  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.92 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0426675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  33.82 
 
 
205 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  32.54 
 
 
212 aa  96.7  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6543  lysine exporter protein LysE/YggA  37.08 
 
 
207 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  31.16 
 
 
218 aa  95.1  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.06 
 
 
207 aa  94  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1277  lysine exporter protein LysE/YggA  36.51 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2660  lysine exporter protein LysE/YggA  34.29 
 
 
217 aa  93.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0329872  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4452  lysine exporter protein LysE/YggA  31.88 
 
 
205 aa  91.7  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000383536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  31.07 
 
 
212 aa  91.7  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.01 
 
 
208 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1166  lysine exporter protein LysE/YggA  28.64 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  32.86 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  32.86 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.54 
 
 
208 aa  89.4  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  30.56 
 
 
222 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0131  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.29 
 
 
216 aa  89.4  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  30.56 
 
 
222 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3633  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.58 
 
 
207 aa  89.4  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  30.59 
 
 
207 aa  89  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  30.56 
 
 
222 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1730  amino acid transporter LysE  29.9 
 
 
208 aa  88.2  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000126843  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5030  lysine exporter protein LysE/YggA  35.39 
 
 
242 aa  88.2  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778866  normal  0.678911 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1927  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.5 
 
 
199 aa  88.2  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  35.23 
 
 
208 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0893485  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4247  putative homoserine/threonine efflux protein  30.95 
 
 
208 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000239469 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2291  lysine exporter protein LysE/YggA  33.18 
 
 
213 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.888062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3591  lysine exporter protein LysE/YggA  32.47 
 
 
209 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  35.89 
 
 
209 aa  87.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3704  lysine exporter protein LysE/YggA  35.23 
 
 
208 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.326067  normal  0.173855 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4659  lysine exporter protein LysE/YggA  35.23 
 
 
208 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.80151  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5436  lysine exporter protein LysE/YggA  32.47 
 
 
209 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2900  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.19 
 
 
209 aa  86.7  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.297506 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1191  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.55 
 
 
211 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217594  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0038  lysine exporter protein LysE/YggA  34.55 
 
 
211 aa  87.4  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  35.12 
 
 
211 aa  86.3  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2495  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.32 
 
 
211 aa  85.9  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000331121  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7453  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.62 
 
 
207 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353642  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  31.48 
 
 
218 aa  85.9  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4453  lysine exporter protein LysE/YggA  33.02 
 
 
216 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0577  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.17 
 
 
219 aa  85.5  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7111  RhtB family transporter  30.29 
 
 
215 aa  85.5  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3865  lysine exporter protein LysE/YggA  37.32 
 
 
210 aa  85.1  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.149729 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1744  lysine exporter protein LysE/YggA  32.26 
 
 
208 aa  85.5  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257251  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2459  lysine exporter protein LysE/YggA  31.28 
 
 
215 aa  85.1  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.593208  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5581  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.9 
 
 
212 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2405  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
208 aa  85.1  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  31.58 
 
 
205 aa  85.1  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3544  lysine exporter protein LysE/YggA  34.29 
 
 
212 aa  85.1  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0116705  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2867  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.29 
 
 
212 aa  85.1  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2243  amino acid efflux pump, RhtB family protein  35.08 
 
 
208 aa  84.7  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810397  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  32.69 
 
 
212 aa  84.7  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  33.12 
 
 
211 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0048  lysine exporter protein LysE/YggA  30.92 
 
 
208 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>