More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1078 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
204 aa  407  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3206  lysine exporter protein LysE/YggA  40.29 
 
 
208 aa  161  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.84476  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  39.51 
 
 
208 aa  159  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1394  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  42.72 
 
 
207 aa  157  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  40.2 
 
 
206 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2456  lysine exporter protein LysE/YggA  38.92 
 
 
205 aa  153  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010294  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  38.65 
 
 
210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.42 
 
 
211 aa  148  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.5 
 
 
204 aa  145  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1345  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.5 
 
 
208 aa  144  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123136  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.94 
 
 
211 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3965  LysE family translocator protein  37.43 
 
 
207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2358  putative lysine exporter protein  40.19 
 
 
215 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0104  LysE family protein  40.72 
 
 
207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.063661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2886  LysE family protein  40.12 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3462  LysE family translocator protein  40.12 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.531352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3088  LysE family translocator protein  40.12 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1618  lysine exporter protein LysE/YggA  32.66 
 
 
209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360682  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1657  LysE family protein  40.12 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3201  LysE family protein  40.36 
 
 
207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.17 
 
 
206 aa  125  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0088  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.56 
 
 
215 aa  121  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462277  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0080  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.8 
 
 
215 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1886  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.16 
 
 
214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.259351  normal  0.142425 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.18 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.2 
 
 
205 aa  118  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  31.68 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.66 
 
 
206 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  31.19 
 
 
206 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.66 
 
 
206 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  31.34 
 
 
205 aa  115  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1344  putative threonine efflux protein  35.06 
 
 
205 aa  115  6e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.115554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3003  putative homoserine/threonine efflux protein  33.83 
 
 
210 aa  114  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.132575 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32 
 
 
208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.66 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  33.82 
 
 
211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.2 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.66 
 
 
206 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  30.66 
 
 
212 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.35 
 
 
204 aa  112  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1754  lysine exporter protein LysE/YggA  32.69 
 
 
211 aa  112  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.83 
 
 
206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  32.68 
 
 
209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  32.37 
 
 
208 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3883  LysE family translocator protein  40.12 
 
 
207 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2321  putative homoserine/threonine efflux protein  31.84 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0231  putative (homoserine/homoserine lactone) efflux transmembrane protein  37.07 
 
 
211 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.61981 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.68 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  30.05 
 
 
213 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.68 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2194  homoserine/threonine efflux protein  31.84 
 
 
210 aa  109  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0534032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2131  homoserine/threonine efflux protein  31.84 
 
 
210 aa  109  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000187844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2355  homoserine/threonine efflux protein  31.84 
 
 
210 aa  109  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2374  putative homoserine/threonine efflux protein  31.84 
 
 
210 aa  109  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.68 
 
 
206 aa  108  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1265  lysine exporter protein LysE/YggA  29.7 
 
 
208 aa  107  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5434  lysine exporter protein LysE/YggA  30.04 
 
 
240 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  30.99 
 
 
211 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2117  homoserine/threonine efflux protein  31.34 
 
 
210 aa  105  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.045272  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4152  homoserine/homoserine lactone efflux protein  31.22 
 
 
206 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.92 
 
 
207 aa  105  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2456  putative homoserine/threonine efflux protein  31.34 
 
 
210 aa  105  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.506268  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06368  putative threonine efflux protein  32.04 
 
 
207 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1323  lysine exporter protein LysE/YggA  29.47 
 
 
211 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.848324 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  32.47 
 
 
211 aa  104  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0048  lysine exporter protein LysE/YggA  31.84 
 
 
208 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075881  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  30.14 
 
 
212 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.29 
 
 
205 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.86 
 
 
211 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0277  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.72 
 
 
208 aa  102  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  28.91 
 
 
211 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  28.91 
 
 
211 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  28.79 
 
 
205 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  30.05 
 
 
211 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0038  lysine exporter protein LysE/YggA  32.66 
 
 
211 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.21 
 
 
213 aa  101  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  29.38 
 
 
211 aa  101  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  32.32 
 
 
207 aa  101  8e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  27.54 
 
 
209 aa  101  9e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  30.15 
 
 
206 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  30.05 
 
 
211 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.4 
 
 
208 aa  100  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1191  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.04 
 
 
211 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217594  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1714  lysine exporter protein LysE/YggA  27.54 
 
 
238 aa  99.8  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2660  lysine exporter protein LysE/YggA  30.05 
 
 
217 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0329872  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  28.79 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2444  lysine exporter protein LysE/YggA  30.3 
 
 
205 aa  99.4  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  30.66 
 
 
212 aa  99.4  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.71 
 
 
213 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  29.61 
 
 
209 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2512  LysE family efflux protein  29.86 
 
 
209 aa  99.4  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77155  normal  0.629376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  29.44 
 
 
207 aa  99  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.43 
 
 
207 aa  99.4  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>