More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0059 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
293 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.78 
 
 
304 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.08 
 
 
293 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.82 
 
 
293 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0656  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  64.73 
 
 
293 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.552753  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0618  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  64.73 
 
 
293 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.51 
 
 
293 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0106698  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.16 
 
 
293 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0963268  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1265  SN-glycerol-3-phosphate transmembrane ABC transporter protein  64.16 
 
 
293 aa  383  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.96 
 
 
294 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0112  putative sugar ABC transporter (permease protein)  63.48 
 
 
293 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.48 
 
 
293 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.16436  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.3 
 
 
293 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689523  normal  0.199959 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.38 
 
 
293 aa  371  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.412019  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
293 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3284  maltose-binding periplasmic protein  61.3 
 
 
293 aa  367  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588261  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.04 
 
 
293 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0527607  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3289  ABC glycerol-3-phosphate transporter, inner membrane subunit UgpA  61.99 
 
 
293 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.75 
 
 
293 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0543502  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.54 
 
 
294 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.53764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1286  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.41 
 
 
293 aa  363  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.14 
 
 
293 aa  363  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.75 
 
 
293 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.565462 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.14 
 
 
293 aa  362  4e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.69 
 
 
294 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.43 
 
 
301 aa  354  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2737  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.39 
 
 
292 aa  351  7e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161235  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
292 aa  351  7e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000237389 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3725  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  58.02 
 
 
322 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.119738  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3020  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  58.02 
 
 
319 aa  346  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3210  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  58.02 
 
 
294 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0692597  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1761  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  58.02 
 
 
294 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3754  sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpA  58.02 
 
 
294 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2793  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  58.02 
 
 
294 aa  346  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3696  sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpA  58.02 
 
 
322 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57 
 
 
293 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.66 
 
 
293 aa  343  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.34 
 
 
294 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.594237  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.46 
 
 
293 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06397  hypothetical protein  56.94 
 
 
293 aa  343  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.34 
 
 
313 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.68 
 
 
294 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3493  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  57 
 
 
294 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2094  sn-glycerol-3-phosphate transport system, binding protein inner membrane component  55.63 
 
 
293 aa  340  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.236232  normal  0.396031 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2711  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.34 
 
 
294 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.691644  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57 
 
 
313 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.34 
 
 
294 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0447  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  56.31 
 
 
294 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.97 
 
 
294 aa  339  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  0.0342542 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0348  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  52.92 
 
 
294 aa  332  4e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.27 
 
 
294 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0572034  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2015  sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein  57 
 
 
293 aa  318  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.960254  normal  0.0166365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.33 
 
 
294 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.580675  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0126  glycerol-3-phosphate transporter permease  54.64 
 
 
295 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0235  glycerol-3-phosphate transporter permease  55.4 
 
 
295 aa  308  5.9999999999999995e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0118  glycerol-3-phosphate transporter permease  55.33 
 
 
295 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0257  glycerol-3-phosphate transporter permease  56.1 
 
 
295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3961  glycerol-3-phosphate transporter permease  56.1 
 
 
295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.69 
 
 
292 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3654  glycerol-3-phosphate transporter permease  55.75 
 
 
295 aa  302  6.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.702231 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1696  hypothetical protein  48.6 
 
 
292 aa  300  2e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1695  hypothetical protein  48.25 
 
 
292 aa  299  3e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3731  glycerol-3-phosphate transporter permease  53.47 
 
 
295 aa  295  6e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03301  glycerol-3-phosphate transporter subunit  53.12 
 
 
295 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.12 
 
 
295 aa  294  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03254  hypothetical protein  53.12 
 
 
295 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3649  glycerol-3-phosphate transporter permease  53.12 
 
 
295 aa  294  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0264  glycerol-3-phosphate transporter permease  53.12 
 
 
295 aa  294  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.332041  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3930  glycerol-3-phosphate transporter permease  53.12 
 
 
295 aa  293  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4766  glycerol-3-phosphate transporter permease  53.12 
 
 
295 aa  293  2e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.862784  normal  0.380759 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3871  glycerol-3-phosphate transporter permease  52.78 
 
 
295 aa  292  4e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3868  glycerol-3-phosphate transporter permease  52.78 
 
 
295 aa  291  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3927  glycerol-3-phosphate transporter permease  52.78 
 
 
295 aa  291  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.961515 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3825  glycerol-3-phosphate transporter permease  52.78 
 
 
295 aa  291  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3747  glycerol-3-phosphate transporter permease  52.78 
 
 
295 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3758  glycerol-3-phosphate transporter permease  52.43 
 
 
295 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3860  glycerol-3-phosphate transporter permease  56.94 
 
 
295 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1156  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  50.17 
 
 
293 aa  275  5e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
302 aa  275  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4044  glycerol-3-phosphate transporter permease  56.01 
 
 
295 aa  275  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3855  glycerol-3-phosphate transporter permease  51.89 
 
 
295 aa  275  9e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.601717 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.65 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890254  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 
294 aa  271  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.26 
 
 
322 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.518821 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0356  ABC transporter membrane spanning protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  46.58 
 
 
293 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.584093  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
293 aa  248  8e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0202673  normal  0.352702 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.967188  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
290 aa  218  8.999999999999998e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00066862  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
316 aa  212  7e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141538  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
288 aa  210  2e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5506  ABC transporter membrane spanning protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  38.85 
 
 
296 aa  209  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0720  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
290 aa  204  2e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.978604  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0663  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 
297 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176466  normal  0.0551822 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
297 aa  185  9e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.654784 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
306 aa  181  9.000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4503  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.59 
 
 
297 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
308 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
460 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.718577  normal  0.203156 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1457  ABC-type sugar transport system, permease component  35.21 
 
 
318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>