More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1401 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  100 
 
 
455 aa  917  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  741  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  82.83 
 
 
458 aa  742  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  83.04 
 
 
458 aa  743  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  73.57 
 
 
457 aa  661  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  82.17 
 
 
458 aa  734  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  70.97 
 
 
472 aa  645  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  82.61 
 
 
458 aa  741  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  92.53 
 
 
471 aa  806  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  73.19 
 
 
452 aa  644  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  85.93 
 
 
456 aa  776  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  82.61 
 
 
458 aa  753  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  2.51063e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  82.61 
 
 
458 aa  751  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  69.31 
 
 
465 aa  638  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  74.83 
 
 
453 aa  668  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  70.11 
 
 
454 aa  635  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  82.83 
 
 
458 aa  743  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  746  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  739  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  74.73 
 
 
453 aa  695  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  69.33 
 
 
462 aa  654  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  85.93 
 
 
456 aa  770  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  70.37 
 
 
475 aa  640  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  78.7 
 
 
457 aa  716  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  74.12 
 
 
454 aa  658  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  85.93 
 
 
456 aa  776  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  74.56 
 
 
450 aa  641  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  82.39 
 
 
458 aa  738  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  70.5 
 
 
460 aa  630  1e-179  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  70.5 
 
 
460 aa  630  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  70.18 
 
 
456 aa  625  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  71.9 
 
 
459 aa  624  1e-178  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  69.63 
 
 
476 aa  620  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  69.72 
 
 
459 aa  612  1e-174  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0497  DNA repair protein RadA  74.34 
 
 
422 aa  606  1e-172  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  62.81 
 
 
453 aa  582  1e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  62.97 
 
 
455 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  62.53 
 
 
455 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  62.75 
 
 
455 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  63.19 
 
 
477 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  62.83 
 
 
456 aa  577  1e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  62.83 
 
 
456 aa  577  1e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  62.83 
 
 
456 aa  577  1e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  62.36 
 
 
453 aa  575  1e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  62.36 
 
 
453 aa  577  1e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  63.7 
 
 
448 aa  573  1e-162  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  62.36 
 
 
453 aa  569  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  61.54 
 
 
455 aa  554  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  61.98 
 
 
457 aa  551  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  60 
 
 
447 aa  541  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  59.78 
 
 
451 aa  543  1e-153  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  59.33 
 
 
451 aa  542  1e-153  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  59.47 
 
 
460 aa  538  1e-152  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  59.47 
 
 
460 aa  538  1e-152  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  59.47 
 
 
460 aa  538  1e-152  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  58.9 
 
 
461 aa  538  1e-152  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  59.26 
 
 
464 aa  538  1e-152  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  60.09 
 
 
451 aa  535  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 
460 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 
460 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 
460 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  58.37 
 
 
460 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 
460 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 
460 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  534  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  56.37 
 
 
482 aa  529  1e-149  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  57.91 
 
 
450 aa  528  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  58.24 
 
 
461 aa  531  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  58.33 
 
 
458 aa  528  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  57.64 
 
 
463 aa  528  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  58.91 
 
 
458 aa  530  1e-149  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  57.64 
 
 
463 aa  528  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  57.96 
 
 
454 aa  526  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  57.46 
 
 
450 aa  526  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 
459 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  57.68 
 
 
456 aa  523  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  54.9 
 
 
459 aa  522  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  58.42 
 
 
454 aa  521  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  56.42 
 
 
455 aa  524  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  55.12 
 
 
459 aa  518  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  56.55 
 
 
458 aa  518  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  56.16 
 
 
482 aa  518  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3470  DNA repair protein RadA  58.68 
 
 
461 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  56.72 
 
 
481 aa  513  1e-144  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2814  DNA repair protein RadA  55.73 
 
 
454 aa  510  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0546  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
460 aa  511  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>