More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3616 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
530 aa  1073    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  69.2 
 
 
530 aa  697    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.99 
 
 
453 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.89 
 
 
470 aa  421  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.42 
 
 
481 aa  379  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.95 
 
 
466 aa  380  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.05 
 
 
462 aa  378  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.4 
 
 
502 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.18 
 
 
463 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.29 
 
 
476 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.8 
 
 
392 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.5 
 
 
395 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.07 
 
 
383 aa  323  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  58.12 
 
 
379 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.32 
 
 
375 aa  320  6e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.32 
 
 
375 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.23 
 
 
398 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.6 
 
 
375 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.6 
 
 
375 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.6 
 
 
375 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  58.48 
 
 
381 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  58.48 
 
 
381 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  58.48 
 
 
381 aa  309  9e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.28 
 
 
378 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.36 
 
 
482 aa  296  5e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.75 
 
 
456 aa  201  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1986  nucleotide excision repair endonuclease  42.69 
 
 
295 aa  193  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.282045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1963  nucleotide excision repair endonuclease  42.69 
 
 
295 aa  194  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01710  endonuclease of nucleotide excision repair  42.31 
 
 
295 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1901  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.31 
 
 
295 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1891  nucleotide excision repair endonuclease  42.31 
 
 
295 aa  192  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0501575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01698  hypothetical protein  42.31 
 
 
295 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1823  nucleotide excision repair endonuclease  42.31 
 
 
295 aa  192  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2460  nucleotide excision repair endonuclease  41.92 
 
 
295 aa  189  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.41654  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1449  nucleotide excision repair endonuclease  41.54 
 
 
295 aa  189  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.432222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1703  nucleotide excision repair endonuclease  42.19 
 
 
292 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1422  nucleotide excision repair endonuclease  41.25 
 
 
293 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28855  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2036  nucleotide excision repair endonuclease  40.86 
 
 
293 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362279  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1437  nucleotide excision repair endonuclease  40.86 
 
 
293 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1863  nucleotide excision repair endonuclease  40.86 
 
 
293 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1405  nucleotide excision repair endonuclease  40.86 
 
 
293 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.33 
 
 
456 aa  179  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  27.92 
 
 
457 aa  178  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.75 
 
 
453 aa  177  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4261  excinuclease ABC subunit C  41.98 
 
 
275 aa  177  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29310  nucleotide excision repair endonuclease  42.12 
 
 
282 aa  169  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.525257  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 
459 aa  164  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  32.46 
 
 
570 aa  162  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 
631 aa  160  6e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.55 
 
 
565 aa  159  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
449 aa  157  7e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  32.82 
 
 
613 aa  153  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  35.05 
 
 
630 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  32.99 
 
 
590 aa  152  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.42 
 
 
584 aa  151  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  34.78 
 
 
630 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  34.78 
 
 
630 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  33.95 
 
 
578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  31.22 
 
 
616 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  32.3 
 
 
560 aa  146  8.000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 
595 aa  146  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 
574 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  31.82 
 
 
584 aa  139  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.97 
 
 
609 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.07 
 
 
610 aa  133  6.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  33.15 
 
 
617 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 
442 aa  130  5.0000000000000004e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.14 
 
 
715 aa  130  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  31.89 
 
 
566 aa  127  5e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  31.28 
 
 
645 aa  126  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  30.85 
 
 
603 aa  123  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 
174 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  30.79 
 
 
585 aa  123  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  30 
 
 
601 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
578 aa  121  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.18 
 
 
574 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.02 
 
 
595 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.29 
 
 
769 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  36.53 
 
 
1433 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.33 
 
 
605 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.16 
 
 
584 aa  116  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.06 
 
 
929 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.25 
 
 
180 aa  114  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.44 
 
 
934 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.44 
 
 
934 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  41.89 
 
 
720 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  30.61 
 
 
607 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  36.6 
 
 
551 aa  110  5e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  29.43 
 
 
601 aa  110  6e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.02 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.02 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.11 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.02 
 
 
934 aa  109  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.02 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.02 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.11 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.52 
 
 
1442 aa  108  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.56 
 
 
252 aa  108  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  36.59 
 
 
791 aa  106  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.11 
 
 
934 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>