More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3655 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
301 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  99.34 
 
 
301 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.08 
 
 
301 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.28 
 
 
301 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.1 
 
 
301 aa  438  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.88 
 
 
308 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  61.54 
 
 
307 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.24 
 
 
301 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63 
 
 
301 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.19 
 
 
313 aa  358  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.7 
 
 
303 aa  323  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.67 
 
 
303 aa  322  4e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.54 
 
 
304 aa  319  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.25 
 
 
336 aa  318  5e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.85 
 
 
303 aa  316  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.38 
 
 
305 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52 
 
 
303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.54 
 
 
311 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.72 
 
 
312 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.72 
 
 
312 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
303 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.01 
 
 
303 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.86 
 
 
303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.36 
 
 
305 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.53 
 
 
304 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.53 
 
 
304 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
303 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.53 
 
 
304 aa  306  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.53 
 
 
304 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.84 
 
 
303 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.17 
 
 
304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.85 
 
 
307 aa  305  7e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.35 
 
 
303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.85 
 
 
304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
303 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.85 
 
 
304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
303 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.85 
 
 
304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.33 
 
 
303 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  50.33 
 
 
303 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.85 
 
 
303 aa  299  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.35 
 
 
305 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.54 
 
 
328 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.01 
 
 
305 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.83 
 
 
304 aa  285  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.7 
 
 
304 aa  267  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.48 
 
 
304 aa  257  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.15 
 
 
304 aa  254  8e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.47 
 
 
304 aa  251  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.48 
 
 
321 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  40.86 
 
 
321 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  42.95 
 
 
311 aa  212  4.9999999999999996e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.53 
 
 
326 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  42.76 
 
 
301 aa  204  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  45.17 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.64 
 
 
301 aa  199  6e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  40.88 
 
 
308 aa  195  7e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.64 
 
 
330 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.75 
 
 
301 aa  181  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  42.86 
 
 
306 aa  176  5e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.44 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.75 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0675  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  87.21 
 
 
87 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251814  normal  0.308708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.8 
 
 
291 aa  132  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  50.76 
 
 
199 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 
294 aa  107  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  28.77 
 
 
295 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  30.34 
 
 
290 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  30.96 
 
 
292 aa  99  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5807  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 
298 aa  97.4  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1080  dihydrodipicolinate synthase  31.71 
 
 
305 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0649604  hitchhiker  0.00385638 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  29.59 
 
 
291 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0297  dihydrodipicolinate synthetase  31.66 
 
 
306 aa  97.4  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.168579 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5758  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 
295 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  29.96 
 
 
293 aa  96.3  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  29.96 
 
 
293 aa  96.7  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  31.03 
 
 
298 aa  94  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0258  dihydrodipicolinate synthase  28.87 
 
 
293 aa  94.4  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  27.7 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  30.09 
 
 
293 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4892  dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0566089 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 
292 aa  94  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  27.44 
 
 
298 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  27.33 
 
 
298 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0078  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
298 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00671629  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12766  dihydrodipicolinate synthase  30.61 
 
 
300 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5442  dihydrodipicolinate synthase  30.56 
 
 
298 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285099  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  26.04 
 
 
298 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5443  dihydrodipicolinate synthetase  30.41 
 
 
317 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.344282  hitchhiker  0.00661581 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3944  dihydrodipicolinate synthase  32.31 
 
 
298 aa  91.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0787745  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1939  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  26.04 
 
 
298 aa  90.9  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0196  dihydrodipicolinate synthetase  31.27 
 
 
307 aa  91.3  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  30.15 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2103  dihydrodipicolinate synthase  32.53 
 
 
303 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.693984  normal  0.145144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>