47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02209 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  100 
 
 		 276 aa  540  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0596  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  47.65 
 
 		 266 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.690424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5175  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  43.58 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  44.98 
 
 		 266 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1784  putative transmembrane anti-sigma factor  42.47 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1898  putative transmembrane anti-sigma factor  42.03 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.307519  hitchhiker  0.000000565646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1875  putative transmembrane anti-sigma factor  41.5 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6204  putative transmembrane anti-sigma factor  41.5 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2178  hypothetical protein  39.08 
 
 		 327 aa  175  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1399  putative transmembrane anti-sigma factor  41.25 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.910327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1785  putative transmembrane anti-sigma factor  39.27 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1097  normal  0.379746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  36.76 
 
 		 264 aa  171  9e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2457  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  40.51 
 
 		 320 aa  168  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  0.221442 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1169  hypothetical protein  38.39 
 
 		 341 aa  168  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0204428  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1896  hypothetical protein  38.39 
 
 		 341 aa  168  9e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485086  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1405  hypothetical protein  38.39 
 
 		 341 aa  168  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.220204  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  36.43 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0910  putative transmembrane anti-sigma factor  38.14 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.194981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1812  putative transmembrane anti-sigma factor  41.58 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.777601  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4006  putative transmembrane anti-sigma factor  46.85 
 
 		 221 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0338  putative transmembrane anti-sigma factor  37.04 
 
 		 278 aa  158  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3435  putative transmembrane anti-sigma factor  35.51 
 
 		 265 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  34.32 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1789  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  41.74 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0977  putative transmembrane anti-sigma factor  39.85 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0001  hypothetical protein  47.31 
 
 		 292 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.285213  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2253  hypothetical protein  56.69 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0525547  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2417  hypothetical protein  56.69 
 
 		 379 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2292  hypothetical protein  56.69 
 
 		 379 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.348164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0787  putative transmembrane anti-sigma factor  36.9 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353993  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4787  putative transmembrane anti-sigma factor  47.62 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0389  putative transmembrane anti-sigma factor  34.93 
 
 		 259 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1422  putative transmembrane anti-sigma factor  34.43 
 
 		 276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000152336 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2379  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25.98 
 
 		 271 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  39.6 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1488  putative transmembrane anti-sigma factor  25.93 
 
 		 276 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  30.42 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  28.68 
 
 		 265 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4531  putative transmembrane anti-sigma factor  37.35 
 
 		 180 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  28.68 
 
 		 271 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  37.5 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  32.54 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0844  putative transmembrane anti-sigma factor  34.62 
 
 		 146 aa  43.9  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000720688  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2480  putative integral membrane protein  43.14 
 
 		 238 aa  43.5  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000114797  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2363  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  36.11 
 
 		 376 aa  43.5  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.824355  hitchhiker  0.000839626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  28.57 
 
 		 260 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1890  hypothetical protein  29.49 
 
 		 78 aa  42.4  0.008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>