44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0596 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0596  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  100 
 
 		 266 aa  540  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.690424 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  52.45 
 
 		 266 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5175  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  44.85 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  46.93 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1898  putative transmembrane anti-sigma factor  42.81 
 
 		 297 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.307519  hitchhiker  0.000000565646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1875  putative transmembrane anti-sigma factor  43.39 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6204  putative transmembrane anti-sigma factor  43.39 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1399  putative transmembrane anti-sigma factor  43.84 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.910327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1784  putative transmembrane anti-sigma factor  42 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  36.74 
 
 		 264 aa  184  9e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0910  putative transmembrane anti-sigma factor  39.22 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.194981 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2457  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  38.24 
 
 		 320 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  0.221442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1789  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  43.67 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  38.95 
 
 		 260 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3435  putative transmembrane anti-sigma factor  33.95 
 
 		 265 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0977  putative transmembrane anti-sigma factor  38.7 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.5 
 
 		 253 aa  158  9e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0338  putative transmembrane anti-sigma factor  34.75 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1422  putative transmembrane anti-sigma factor  37.09 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000152336 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0389  putative transmembrane anti-sigma factor  36.22 
 
 		 259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0787  putative transmembrane anti-sigma factor  39.47 
 
 		 274 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353993  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2178  hypothetical protein  53.55 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1169  hypothetical protein  58.27 
 
 		 341 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0204428  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2292  hypothetical protein  58.27 
 
 		 379 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.348164  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2253  hypothetical protein  58.27 
 
 		 383 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0525547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0001  hypothetical protein  58.27 
 
 		 292 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.285213  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1896  hypothetical protein  58.27 
 
 		 341 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485086  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2417  hypothetical protein  58.27 
 
 		 379 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1405  hypothetical protein  58.27 
 
 		 341 aa  142  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.220204  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1812  putative transmembrane anti-sigma factor  53.02 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.777601  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1785  putative transmembrane anti-sigma factor  48.03 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1097  normal  0.379746 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4006  putative transmembrane anti-sigma factor  44.72 
 
 		 221 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4787  putative transmembrane anti-sigma factor  52.85 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1488  putative transmembrane anti-sigma factor  23.47 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1213  Anti-sigma factor RshA  45.61 
 
 		 90 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0696554 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0155  putative transmembrane anti-sigma factor  26.62 
 
 		 203 aa  51.6  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000067167  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0804  hypothetical protein  22.67 
 
 		 188 aa  50.1  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18560  anti-sigma factor, TIGR02949 family  33.33 
 
 		 84 aa  46.2  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0444367  normal  0.815845 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1266  anti-sigma factor  39.13 
 
 		 107 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293532  normal  0.0945618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  35.21 
 
 		 269 aa  43.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  40.28 
 
 		 260 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0844  putative transmembrane anti-sigma factor  41.3 
 
 		 146 aa  42.4  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000720688  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  31.88 
 
 		 271 aa  42.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4208  hypothetical protein  43.48 
 
 		 292 aa  42  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>