More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3699 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  74.24 
 
 		 540 aa  781    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  82.84 
 
 		 542 aa  847    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  85.93 
 
 		 540 aa  850    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  100 
 
 		 540 aa  1083    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  54.29 
 
 		 551 aa  547  1e-154  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  53.63 
 
 		 539 aa  497  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  52.06 
 
 		 537 aa  488  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  52.42 
 
 		 529 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  50.96 
 
 		 529 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  53.02 
 
 		 539 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  53.02 
 
 		 539 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  51.25 
 
 		 548 aa  484  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  53.02 
 
 		 539 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  52.25 
 
 		 535 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  50.19 
 
 		 518 aa  479  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  52.06 
 
 		 535 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  52.63 
 
 		 539 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  52.63 
 
 		 539 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  52.63 
 
 		 539 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  52.63 
 
 		 539 aa  478  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  51.8 
 
 		 536 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  51.92 
 
 		 535 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  51.82 
 
 		 499 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  52.41 
 
 		 535 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  52.96 
 
 		 535 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  48.85 
 
 		 533 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.18 
 
 		 533 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  47.7 
 
 		 527 aa  413  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.05 
 
 		 536 aa  412  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  43.81 
 
 		 540 aa  409  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  45.21 
 
 		 528 aa  405  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  40.91 
 
 		 529 aa  394  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  43.8 
 
 		 525 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  41.51 
 
 		 549 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  43.32 
 
 		 528 aa  385  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  41.51 
 
 		 528 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  43.98 
 
 		 542 aa  364  2e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  39.31 
 
 		 535 aa  363  3e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  37.52 
 
 		 540 aa  286  7e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.34 
 
 		 562 aa  271  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  34.98 
 
 		 554 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.71 
 
 		 562 aa  270  7e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.28 
 
 		 562 aa  267  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.52 
 
 		 562 aa  256  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  33.95 
 
 		 545 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.16 
 
 		 568 aa  213  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  29.26 
 
 		 589 aa  205  2e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.62 
 
 		 559 aa  203  5e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2432  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.02 
 
 		 503 aa  192  2e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.157396  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.39 
 
 		 658 aa  191  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.08 
 
 		 561 aa  190  5e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.53 
 
 		 542 aa  189  7e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1108  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.48 
 
 		 489 aa  181  2e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0811747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  26.72 
 
 		 552 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  28.01 
 
 		 551 aa  180  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.24 
 
 		 565 aa  178  2e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.49 
 
 		 586 aa  178  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  29.66 
 
 		 572 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.28 
 
 		 596 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 566 aa  173  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.72 
 
 		 584 aa  173  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5914  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.13 
 
 		 588 aa  172  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.67 
 
 		 584 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.084297 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0128  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.67 
 
 		 584 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3605  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.26 
 
 		 572 aa  171  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0127  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.67 
 
 		 584 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.53134  hitchhiker  0.000772873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.49 
 
 		 584 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5548  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  28.34 
 
 		 568 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.32 
 
 		 574 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.65 
 
 		 587 aa  167  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3793  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.15 
 
 		 572 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.68 
 
 		 572 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00079  acetolactate synthase III large subunit  28.82 
 
 		 574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.39 
 
 		 574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00078  hypothetical protein  28.82 
 
 		 574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0079  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.82 
 
 		 574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0083  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.82 
 
 		 574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.630637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.65 
 
 		 573 aa  165  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.24 
 
 		 575 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.24 
 
 		 575 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0139  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.23 
 
 		 612 aa  164  5.0000000000000005e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.24 
 
 		 593 aa  164  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3522  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.63 
 
 		 574 aa  163  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0083  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.63 
 
 		 604 aa  163  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3580  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.63 
 
 		 574 aa  163  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.42 
 
 		 576 aa  163  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1905  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  27.57 
 
 		 573 aa  163  9e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.06 
 
 		 549 aa  162  1e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1628  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.84 
 
 		 572 aa  161  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.28 
 
 		 573 aa  160  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.55 
 
 		 636 aa  159  8e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000157707 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1620  thiamine pyrophosphate protein  28.65 
 
 		 567 aa  160  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.738779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0086  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.44 
 
 		 574 aa  159  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0451  acetolactate synthase, large subunit  25.61 
 
 		 549 aa  159  1e-37  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0853  acetolactate synthase, large subunit  27.26 
 
 		 573 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.640805  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1858  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.28 
 
 		 582 aa  158  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.667431  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00556  acetolactate synthase III large subunit  27.61 
 
 		 572 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1592  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.81 
 
 		 569 aa  157  5.0000000000000005e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2138  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.74 
 
 		 572 aa  157  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.803808  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05831  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.09 
 
 		 587 aa  156  7e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>