49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4242 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  247  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  67.8 
 
 		 125 aa  159  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 123 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  55.83 
 
 		 141 aa  130  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  56.67 
 
 		 152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  52.54 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  47.15 
 
 		 137 aa  115  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  43.22 
 
 		 126 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  44.07 
 
 		 126 aa  112  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  43.22 
 
 		 126 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  44 
 
 		 124 aa  100  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  41.94 
 
 		 123 aa  99  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  37.61 
 
 		 118 aa  98.2  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  39.67 
 
 		 125 aa  94.4  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  39.02 
 
 		 123 aa  92  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  40.68 
 
 		 126 aa  92.8  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  41.38 
 
 		 120 aa  90.9  6e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 409 aa  89.4  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  43.65 
 
 		 128 aa  87  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  41.59 
 
 		 124 aa  87  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  38.66 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  37.07 
 
 		 117 aa  82.4  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  36.21 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  38.14 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  36.97 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  36.07 
 
 		 401 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  35.59 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  30.51 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  35.65 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  34.19 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  37.9 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  30.97 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  45.1 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.55 
 
 		 334 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  29.41 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  29.41 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  28.81 
 
 		 133 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  27.83 
 
 		 157 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  33.33 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 179 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>