More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0169 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  100 
 
 		 371 aa  743    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  79.4 
 
 		 370 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  77.51 
 
 		 370 aa  565  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  76.69 
 
 		 370 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  75.61 
 
 		 370 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  75.61 
 
 		 370 aa  553  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  74.8 
 
 		 370 aa  548  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  71.54 
 
 		 370 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  71.89 
 
 		 370 aa  524  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  67.76 
 
 		 373 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  69.73 
 
 		 373 aa  505  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  64.69 
 
 		 382 aa  498  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  67.3 
 
 		 373 aa  496  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  64.69 
 
 		 382 aa  498  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  63.93 
 
 		 376 aa  486  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  66.49 
 
 		 373 aa  484  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  65.85 
 
 		 374 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  65.4 
 
 		 373 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  64.48 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  64.31 
 
 		 374 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  60.7 
 
 		 372 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  64.01 
 
 		 376 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  63.39 
 
 		 374 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  61.64 
 
 		 374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  61.64 
 
 		 374 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  61.2 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  60.66 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  60.33 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  60.66 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  60.66 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  60.38 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  60.38 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  59.29 
 
 		 374 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  60.11 
 
 		 374 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  59.73 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  60.06 
 
 		 374 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  60.06 
 
 		 374 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  60.98 
 
 		 371 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  60.06 
 
 		 374 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.02 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  59.02 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  58.74 
 
 		 374 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  58.74 
 
 		 374 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  59.02 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  60.43 
 
 		 375 aa  435  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  63.01 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  58.74 
 
 		 374 aa  435  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  59.02 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  58.74 
 
 		 374 aa  435  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  63.11 
 
 		 374 aa  430  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  58.95 
 
 		 412 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  54.64 
 
 		 373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  58.42 
 
 		 374 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  53.68 
 
 		 374 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  53.41 
 
 		 373 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  49.86 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  51.65 
 
 		 376 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  49.18 
 
 		 375 aa  364  1e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  49.59 
 
 		 399 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  49.59 
 
 		 399 aa  360  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  48.5 
 
 		 374 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  48.76 
 
 		 374 aa  355  5e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  48.78 
 
 		 393 aa  355  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  48.51 
 
 		 398 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  47.43 
 
 		 390 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  47.03 
 
 		 401 aa  336  2.9999999999999997e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  47.68 
 
 		 375 aa  336  5e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  47.5 
 
 		 382 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  47.84 
 
 		 372 aa  332  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  47.03 
 
 		 370 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  47.3 
 
 		 370 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  47.03 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  45.8 
 
 		 374 aa  330  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  47.43 
 
 		 379 aa  329  6e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  47.68 
 
 		 379 aa  325  9e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  46.45 
 
 		 375 aa  323  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  45.4 
 
 		 350 aa  303  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  41.03 
 
 		 374 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  41.62 
 
 		 374 aa  272  6e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  41.35 
 
 		 374 aa  272  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  32.25 
 
 		 381 aa  204  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  30.48 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  29.48 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  30.34 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4676  ABC-2 type transporter  28.45 
 
 		 379 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  29.62 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  29.63 
 
 		 368 aa  133  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1910  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  30.56 
 
 		 376 aa  133  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170149  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  29.1 
 
 		 378 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  30.63 
 
 		 377 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  28.76 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  29.22 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  27.37 
 
 		 376 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  25.9 
 
 		 368 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 		 368 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  27.6 
 
 		 368 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  27.82 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  30.1 
 
 		 376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1379  ABC-2 type transporter  32.07 
 
 		 370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.463817  hitchhiker  0.000000727606 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  29.89 
 
 		 376 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>