More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1562 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 374 aa  748    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  73.26 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  55.88 
 
 		 374 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 		 375 aa  376  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  50.4 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  50.13 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  49.18 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  50.13 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  50.13 
 
 		 374 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  49.18 
 
 		 382 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  51.77 
 
 		 376 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  50.13 
 
 		 374 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  48.52 
 
 		 372 aa  362  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  52.04 
 
 		 373 aa  362  6e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  49.86 
 
 		 373 aa  360  3e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  49.33 
 
 		 374 aa  359  6e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  49.6 
 
 		 374 aa  358  7e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  49.6 
 
 		 374 aa  358  7e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.33 
 
 		 374 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  49.33 
 
 		 374 aa  358  9e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  49.33 
 
 		 374 aa  358  9e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  49.33 
 
 		 374 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  49.33 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  50.14 
 
 		 398 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  49.33 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  49.59 
 
 		 373 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  50.68 
 
 		 399 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  50.68 
 
 		 399 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  47.84 
 
 		 374 aa  353  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  49.86 
 
 		 390 aa  353  2e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  47.83 
 
 		 375 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  49.6 
 
 		 374 aa  352  8e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  47.17 
 
 		 397 aa  351  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  47.57 
 
 		 376 aa  350  2e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  48.25 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  49.06 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  49.17 
 
 		 382 aa  347  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  48.77 
 
 		 379 aa  347  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  49.04 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  47.81 
 
 		 412 aa  347  2e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  48.91 
 
 		 373 aa  344  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  48.09 
 
 		 374 aa  344  2e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  48.5 
 
 		 371 aa  342  8e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  48.11 
 
 		 376 aa  338  7e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  47.41 
 
 		 401 aa  336  2.9999999999999997e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  48.76 
 
 		 370 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  49.6 
 
 		 374 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  48.77 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  46.99 
 
 		 370 aa  332  5e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  47.66 
 
 		 370 aa  332  8e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  46.09 
 
 		 374 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  45.01 
 
 		 371 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  47.11 
 
 		 370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  46.24 
 
 		 375 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  45.5 
 
 		 373 aa  326  4.0000000000000003e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  45.63 
 
 		 379 aa  324  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  45.58 
 
 		 373 aa  323  4e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  44.47 
 
 		 370 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  46.59 
 
 		 375 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  44.2 
 
 		 370 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  45.08 
 
 		 375 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  43.94 
 
 		 370 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  45.55 
 
 		 374 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  45.55 
 
 		 374 aa  316  4e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  45.55 
 
 		 374 aa  316  4e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  45.55 
 
 		 374 aa  316  4e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  45.28 
 
 		 374 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  45.28 
 
 		 374 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  48.07 
 
 		 370 aa  315  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  44.74 
 
 		 374 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  45.05 
 
 		 370 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  46.98 
 
 		 370 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  45.01 
 
 		 372 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  46.72 
 
 		 350 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  44.74 
 
 		 374 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  42.16 
 
 		 393 aa  303  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  45.75 
 
 		 374 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  40.43 
 
 		 374 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  40.16 
 
 		 374 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  39.13 
 
 		 374 aa  259  8e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  30.97 
 
 		 381 aa  212  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  28.22 
 
 		 368 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  28.88 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  28.88 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  28.27 
 
 		 377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  27.42 
 
 		 366 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  27.3 
 
 		 378 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  27.22 
 
 		 376 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  27.15 
 
 		 378 aa  135  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  28.76 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  27.95 
 
 		 376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  26.63 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>