More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9218 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  100 
 
 
374 aa  758    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  55.88 
 
 
374 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  57.18 
 
 
374 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  47.98 
 
 
374 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  48.24 
 
 
375 aa  356  3.9999999999999996e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  47.44 
 
 
374 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  47.55 
 
 
397 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  46.88 
 
 
376 aa  343  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  46.49 
 
 
374 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  46.05 
 
 
373 aa  335  7e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  46.32 
 
 
373 aa  335  1e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  45.01 
 
 
372 aa  335  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  46.9 
 
 
374 aa  334  1e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  46.47 
 
 
373 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  44.47 
 
 
382 aa  332  6e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  44.47 
 
 
382 aa  331  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  44.2 
 
 
401 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  47.3 
 
 
373 aa  328  7e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  44.84 
 
 
390 aa  326  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  44.12 
 
 
370 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  45.01 
 
 
374 aa  325  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  45.01 
 
 
374 aa  325  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  45.41 
 
 
374 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  45.28 
 
 
374 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  43.85 
 
 
370 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  45.28 
 
 
374 aa  324  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  45.01 
 
 
374 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  45.01 
 
 
374 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  43.58 
 
 
370 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  45.01 
 
 
374 aa  323  3e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  45.01 
 
 
374 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  45.79 
 
 
382 aa  323  4e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  45.01 
 
 
374 aa  322  6e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  45.78 
 
 
379 aa  322  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  45.01 
 
 
374 aa  322  6e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  44.05 
 
 
374 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  44.32 
 
 
374 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  44.32 
 
 
374 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  46.85 
 
 
376 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  44.32 
 
 
374 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  45.5 
 
 
376 aa  320  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  44.05 
 
 
374 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  44.05 
 
 
374 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  47.73 
 
 
374 aa  319  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  45.16 
 
 
372 aa  319  6e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  45.8 
 
 
371 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  44.8 
 
 
374 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  42.39 
 
 
398 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  45.6 
 
 
370 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  44.8 
 
 
374 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  44.8 
 
 
374 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  44.8 
 
 
374 aa  316  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  45.9 
 
 
412 aa  316  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  43.78 
 
 
374 aa  316  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  44.53 
 
 
374 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  46.85 
 
 
370 aa  315  8e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  43.61 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  43.61 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  43.99 
 
 
373 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  45.6 
 
 
370 aa  313  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  46.13 
 
 
370 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  45.18 
 
 
370 aa  311  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  45.05 
 
 
370 aa  309  5.9999999999999995e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  46.47 
 
 
375 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  45.43 
 
 
373 aa  309  5.9999999999999995e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  44.51 
 
 
370 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  44.96 
 
 
371 aa  306  3e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  43.21 
 
 
379 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  41.44 
 
 
375 aa  302  6.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  41.94 
 
 
375 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  47.29 
 
 
350 aa  301  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  42.32 
 
 
393 aa  301  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  43.94 
 
 
374 aa  299  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  45.28 
 
 
374 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  43.01 
 
 
375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  43.84 
 
 
370 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  39.39 
 
 
373 aa  278  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  38.26 
 
 
374 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  37.2 
 
 
374 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  37.47 
 
 
374 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  28.42 
 
 
381 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  28.53 
 
 
378 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  29.97 
 
 
368 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  30.51 
 
 
366 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  29.16 
 
 
368 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  29.16 
 
 
368 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  28.68 
 
 
376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  27.47 
 
 
378 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  29.43 
 
 
368 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  28.31 
 
 
376 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  29.43 
 
 
368 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  29.43 
 
 
368 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  29.43 
 
 
368 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  29.43 
 
 
368 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  29.97 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  29.97 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  29.97 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  29.97 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  29.97 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  29.97 
 
 
368 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>