More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0750 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  100 
 
 
375 aa  753    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  58.15 
 
 
390 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  53.91 
 
 
398 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  53.91 
 
 
399 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  53.91 
 
 
399 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  54.89 
 
 
401 aa  402  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  50.53 
 
 
375 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  53.39 
 
 
376 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  50.67 
 
 
370 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  50.94 
 
 
370 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  50.4 
 
 
370 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  50.68 
 
 
374 aa  361  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  50.54 
 
 
375 aa  361  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  53.48 
 
 
375 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  50.41 
 
 
376 aa  360  3e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  50.82 
 
 
373 aa  359  4e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  49.05 
 
 
382 aa  355  5e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  47.27 
 
 
375 aa  355  8.999999999999999e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  49.05 
 
 
382 aa  354  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  50.68 
 
 
372 aa  354  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  49.87 
 
 
397 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  51.24 
 
 
376 aa  351  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  49.73 
 
 
374 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  48.91 
 
 
374 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  49.73 
 
 
374 aa  350  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  49.46 
 
 
374 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  49.46 
 
 
374 aa  348  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  49.46 
 
 
374 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  49.18 
 
 
374 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  49.45 
 
 
373 aa  345  7e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 
374 aa  344  1e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  47.18 
 
 
393 aa  343  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  49.18 
 
 
373 aa  342  5.999999999999999e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  47.43 
 
 
379 aa  342  7e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  49.59 
 
 
374 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  49.59 
 
 
374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  49.59 
 
 
374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  49.59 
 
 
374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  49.32 
 
 
374 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  49.04 
 
 
374 aa  339  4e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  49.32 
 
 
374 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  47.83 
 
 
374 aa  338  8e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.83 
 
 
374 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  47.83 
 
 
374 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  48.77 
 
 
372 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  47.83 
 
 
374 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  47.83 
 
 
374 aa  337  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  47.55 
 
 
374 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  47.83 
 
 
374 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  47.83 
 
 
374 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  47.55 
 
 
374 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  48.63 
 
 
373 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  46.22 
 
 
412 aa  334  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  48.21 
 
 
370 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  48.78 
 
 
373 aa  334  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  48.64 
 
 
374 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  48.76 
 
 
370 aa  333  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  49.18 
 
 
373 aa  332  5e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  47.18 
 
 
379 aa  331  1e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  49.03 
 
 
370 aa  331  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  48.75 
 
 
370 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  47.68 
 
 
371 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  49.73 
 
 
374 aa  329  6e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  48.1 
 
 
374 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 
370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  45.95 
 
 
374 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  46.38 
 
 
374 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  48.02 
 
 
382 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  46.11 
 
 
374 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  45.08 
 
 
374 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  47.43 
 
 
373 aa  318  9e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  45.75 
 
 
370 aa  315  7e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 
374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  47.32 
 
 
371 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  46.86 
 
 
350 aa  313  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  49.86 
 
 
374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  47.37 
 
 
370 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  47.95 
 
 
370 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  45.08 
 
 
374 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  41.94 
 
 
374 aa  302  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  30.32 
 
 
381 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  31.02 
 
 
366 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  28.65 
 
 
378 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  29.89 
 
 
368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  29.89 
 
 
368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  28.91 
 
 
378 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  30.19 
 
 
368 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  27.56 
 
 
377 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  30.19 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  28.94 
 
 
368 aa  136  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  29.06 
 
 
368 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  31.32 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  29.18 
 
 
368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>