124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0083 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0160  major facilitator transporter  77.49 
 
 
462 aa  704  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0027  major facilitator superfamily MFS_1  84.85 
 
 
465 aa  775  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453112  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0022  major facilitator transporter  80.8 
 
 
463 aa  716  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0721  major facilitator transporter  90.91 
 
 
465 aa  779  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0192  major facilitator transporter  77.01 
 
 
469 aa  706  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0083  major facilitator transporter  100 
 
 
462 aa  896  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.339646  normal  0.26187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0322  major facilitator transporter  73.59 
 
 
467 aa  638  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.169916  normal  0.209035 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1429  major facilitator transporter  58.73 
 
 
466 aa  502  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218982  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4238  major facilitator superfamily MFS_1  46.98 
 
 
462 aa  408  1e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.239966 
 
 
-
 
NC_004310  BR1817  hypothetical protein  48.31 
 
 
455 aa  405  1e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404559  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3914  major facilitator superfamily MFS_1  46.31 
 
 
462 aa  401  1e-110  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1085  major facilitator transporter  47.3 
 
 
493 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.445039  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4369  hypothetical protein  46.81 
 
 
440 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.486519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3421  major facilitator transporter  48.57 
 
 
466 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.564111  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3188  major facilitator transporter  47.22 
 
 
463 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.988714 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3337  major facilitator superfamily (MFS) transporter  45.25 
 
 
443 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0343  major facilitator transporter  43.44 
 
 
454 aa  345  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1317  major facilitator transporter  40.99 
 
 
474 aa  323  5e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.8065  hitchhiker  2.63926e-06 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0020  major facilitator transporter  45.56 
 
 
456 aa  312  6e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.482167  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2937  major facilitator superfamily transporter  39.16 
 
 
435 aa  304  2e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.413148  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2658  major facilitator transporter  42.38 
 
 
469 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.494745  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2130  major facilitator family transporter  37.92 
 
 
435 aa  287  3e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0030  major facilitator transporter  45.33 
 
 
456 aa  287  3e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550857  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0193  transporter, MFS superfamily  37.92 
 
 
460 aa  285  1e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3661  major facilitator transporter  43.31 
 
 
426 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1316  major facilitator transporter  39.41 
 
 
492 aa  282  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.387007  hitchhiker  1.42592e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1010  major facilitator transporter  39.73 
 
 
429 aa  280  5e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0334  hypothetical protein  38.76 
 
 
424 aa  280  6e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1362  major facilitator transporter  44.65 
 
 
456 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0315  hypothetical protein  37.61 
 
 
424 aa  270  3e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1842  major facilitator superfamily MFS_1  37.95 
 
 
451 aa  265  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2662  major facilitator transporter  37.22 
 
 
460 aa  264  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1522  major facilitator superfamily MFS_1  30.89 
 
 
426 aa  205  1e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.101861  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1654  major facilitator transporter  31.25 
 
 
416 aa  203  6e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1324  MFS transporter family protein  32.52 
 
 
425 aa  201  3e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1624  major facilitator superfamily MFS_1  31.25 
 
 
421 aa  196  5e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767884  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4202  hypothetical protein  32.38 
 
 
479 aa  196  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246317  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0936  MFS transporter family protein  30.6 
 
 
458 aa  192  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3661  major facilitator superfamily MFS_1  32.32 
 
 
467 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3874  major facilitator transporter  32.55 
 
 
467 aa  185  1e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1012  major facilitator superfamily MFS_1  29.98 
 
 
428 aa  183  6e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.389524 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2368  major facilitator superfamily MFS_1  31.7 
 
 
445 aa  183  7e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.854492  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0635  major facilitator superfamily MFS_1  32.13 
 
 
456 aa  179  9e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.636916  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1472  major facilitator superfamily MFS_1  29.89 
 
 
419 aa  176  8e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.905727  normal  0.384031 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3166  major facilitator superfamily MFS_1  32.24 
 
 
462 aa  176  1e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.704444  normal  0.18034 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0574  major facilitator superfamily MFS_1  32.55 
 
 
440 aa  175  2e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1700  major facilitator superfamily MFS_1  29 
 
 
472 aa  165  1e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18980  major facilitator superfamily permease  30.07 
 
 
440 aa  162  1e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.273601  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2546  major facilitator transporter  29.66 
 
 
449 aa  161  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.146508  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0568  major facilitator superfamily MFS_1  29.07 
 
 
468 aa  159  8e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0146  major facilitator superfamily MFS_1  28.67 
 
 
414 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.243784  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22460  major facilitator superfamily MFS_1  29.17 
 
 
421 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2069  major facilitator transporter  30.63 
 
 
460 aa  150  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.692197  normal  0.259713 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25210  major facilitator superfamily permease  30.36 
 
 
449 aa  147  4e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.302409  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4097  major facilitator superfamily transporter  30.02 
 
 
443 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1274  putative integral membrane protein  27.9 
 
 
430 aa  144  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01490  major facilitator superfamily permease  27.64 
 
 
408 aa  140  4e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0591182  normal  0.340851 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0297  major facilitator superfamily MFS_1  29.6 
 
 
441 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.321668  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2758  major facilitator transporter  28.23 
 
 
447 aa  137  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1854  major facilitator superfamily permease/ BtlA-like  28.85 
 
 
440 aa  137  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.21925e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0586  major facilitator superfamily MFS_1  28.09 
 
 
444 aa  135  1e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0179532 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5316  major facilitator superfamily MFS_1  27.86 
 
 
572 aa  135  2e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3786  major facilitator superfamily MFS_1  27.35 
 
 
412 aa  132  1e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0379  major facilitator transporter  26.4 
 
 
427 aa  130  5e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.50837e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0458  hypothetical protein  26.12 
 
 
427 aa  126  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  4.01747e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2277  major facilitator superfamily MFS_1  27.75 
 
 
469 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.419016  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0373  major facilitator transporter  25.34 
 
 
427 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  1.10963e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1893  major facilitator superfamily MFS_1  28.11 
 
 
458 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.117856  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0507  hypothetical protein  25.67 
 
 
427 aa  124  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.130258  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0437  hypothetical protein  25.5 
 
 
427 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0367  major facilitator superfamily permease  25.5 
 
 
427 aa  124  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  7.14912e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0370  major facilitator superfamily permease  25.5 
 
 
427 aa  124  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  6.90283e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0379  hypothetical protein  25.5 
 
 
427 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.1693e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0393  hypothetical protein  25.5 
 
 
427 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1090  putative permease  24.33 
 
 
425 aa  124  5e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0778903  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3642  major facilitator transporter  28.76 
 
 
454 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.266137  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3710  major facilitator superfamily transporter  28.76 
 
 
454 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.417195  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3637  major facilitator transporter  28.76 
 
 
454 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.35063  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0507  hypothetical protein  25.28 
 
 
427 aa  123  8e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4866  hypothetical protein  25.39 
 
 
427 aa  122  1e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2708  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 
450 aa  121  2e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0342766  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2301  major facilitator superfamily permease  28.48 
 
 
453 aa  119  2e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.334509  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0030  permease  24.84 
 
 
437 aa  118  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  3.45375e-06  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2713  major facilitator superfamily MFS_1  26.42 
 
 
424 aa  117  4e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1904  major facilitator superfamily MFS_1  23.75 
 
 
430 aa  115  2e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3164  major facilitator superfamily permease  28.04 
 
 
453 aa  114  4e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263181  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2014  major facilitator transporter  26.44 
 
 
426 aa  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.273868  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3202  major facilitator superfamily MFS_1  23.89 
 
 
444 aa  112  1e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12530  leucine and alanine rich integral membrane protein  28.15 
 
 
445 aa  112  1e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0104482 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1217  major facilitator superfamily MFS_1  26.08 
 
 
432 aa  112  2e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0387  major facilitator transporter  28.19 
 
 
437 aa  111  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0133748  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5507  major facilitator superfamily permease/BtlA- like protein  26.68 
 
 
451 aa  110  4e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.462661  normal  0.0808457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21750  major facilitator superfamily permease  24.56 
 
 
474 aa  109  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.109771  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2251  major facilitator superfamily MFS_1  22.77 
 
 
439 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1758  putative transporter  26.68 
 
 
460 aa  108  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0390  major facilitator superfamily permease  28.01 
 
 
446 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.778281  normal  0.55351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2515  major facilitator superfamily MFS_1  25.42 
 
 
433 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0657  major facilitator transporter  28.87 
 
 
449 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.651323  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1801  major facilitator superfamily protein  25.78 
 
 
448 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.640412  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0406  major facilitator superfamily MFS_1  26.78 
 
 
404 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>