More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2399 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
271 aa  530  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  98.52 
 
 
271 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  88.35 
 
 
269 aa  469  1e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.84 
 
 
269 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.47 
 
 
268 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.09 
 
 
268 aa  459  1e-128  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.13 
 
 
269 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.76 
 
 
269 aa  459  1e-128  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.03 
 
 
268 aa  360  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  58.4 
 
 
266 aa  291  9e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.43 
 
 
266 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  56.13 
 
 
264 aa  283  2e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.26 
 
 
266 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.55 
 
 
266 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.54 
 
 
266 aa  268  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.575148  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
275 aa  196  4e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
276 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 
282 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
282 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.38 
 
 
282 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
275 aa  186  3e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.32 
 
 
274 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 
267 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
272 aa  185  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.52 
 
 
279 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
270 aa  185  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
272 aa  185  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.84 
 
 
275 aa  184  1e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
274 aa  181  9e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
275 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
275 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
596 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
275 aa  179  5e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
279 aa  179  6e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
591 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
278 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
274 aa  175  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
275 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  40.6 
 
 
276 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
264 aa  174  1e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
265 aa  172  6e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  40.17 
 
 
276 aa  172  7e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
279 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
275 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  37.96 
 
 
279 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
279 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
289 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
289 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.68 
 
 
264 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
279 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 
279 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
279 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
284 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
391 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.03 
 
 
273 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  41.45 
 
 
273 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
284 aa  164  1e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
550 aa  164  1e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  34.13 
 
 
282 aa  164  2e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
272 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
278 aa  162  4e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
278 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
268 aa  162  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
279 aa  162  8e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
281 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
281 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
281 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  39.91 
 
 
275 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
281 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.19 
 
 
278 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
278 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
278 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
270 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2542  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.5 
 
 
283 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.40939  normal  0.246449 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
669 aa  158  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
276 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
272 aa  155  5e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
263 aa  155  5e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
264 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  32.49 
 
 
264 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
264 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
262 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
587 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
265 aa  152  6e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  31.67 
 
 
265 aa  151  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  33.61 
 
 
281 aa  151  9e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
263 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
264 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
274 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
265 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  34.36 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
264 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  33.76 
 
 
264 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
281 aa  149  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
264 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
588 aa  149  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
264 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
261 aa  147  1e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
280 aa  147  1e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>