48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1772 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  100 
 
 		 217 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  90.32 
 
 		 217 aa  410  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 234 aa  221  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 235 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  47.79 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  38.5 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  39.81 
 
 		 229 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  39.81 
 
 		 215 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  33.49 
 
 		 231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  46.92 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  35 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  46.15 
 
 		 218 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  32.43 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  44.27 
 
 		 133 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  31.22 
 
 		 221 aa  105  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  33.02 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  25.94 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  27.19 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  27.19 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  29.03 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  29.03 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  29.11 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  29.09 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  32.8 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  34.12 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  30.85 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  25.68 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  23.45 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  26.85 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  25.45 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  37.78 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  32.09 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  24.67 
 
 		 221 aa  49.3  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  41.51 
 
 		 211 aa  48.9  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  26.07 
 
 		 227 aa  45.4  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0356  XRE family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 215 aa  45.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  29.1 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  29.1 
 
 		 216 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.3 
 
 		 149 aa  42  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  36.67 
 
 		 215 aa  41.6  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>