More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4011 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  95.52 
 
 		 446 aa  853    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 446 aa  888    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  0.0000182562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  72.79 
 
 		 450 aa  646    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  95.96 
 
 		 446 aa  860    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000501512  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  72.05 
 
 		 449 aa  638    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  80.32 
 
 		 446 aa  717    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  90.81 
 
 		 446 aa  792    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1829  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  72.37 
 
 		 443 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.957037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15590  periplasmic sensory histidine protein kinase  64.64 
 
 		 446 aa  565  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506473  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1920  putative two-component sensor  67.43 
 
 		 445 aa  527  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22730  putative two-component sensor  66.74 
 
 		 445 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.172157  normal  0.0503129 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 		 459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.88 
 
 		 445 aa  192  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2302  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 450 aa  184  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0020202  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 		 389 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 		 439 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 421 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  31.5 
 
 		 449 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 420 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  38.43 
 
 		 465 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  31.5 
 
 		 449 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 449 aa  173  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 		 419 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 		 455 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  38.79 
 
 		 480 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 442 aa  169  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 		 454 aa  169  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  31.09 
 
 		 456 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  35.05 
 
 		 472 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  35.17 
 
 		 452 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  31.99 
 
 		 465 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00937  sensor histidine kinase  27.35 
 
 		 458 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000560614  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  35.23 
 
 		 381 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 		 469 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  31.18 
 
 		 416 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  38.93 
 
 		 412 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  26.27 
 
 		 455 aa  159  7e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  26.27 
 
 		 455 aa  159  8e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00536  putative sensor histidine kinase protein  35.99 
 
 		 453 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  29.53 
 
 		 429 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 		 458 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  30.24 
 
 		 453 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 440 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  33.43 
 
 		 471 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1565  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.28 
 
 		 543 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.379725  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.33 
 
 		 449 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  27.17 
 
 		 449 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7490  Signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 		 423 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1652  sensor histidine kinase  32.34 
 
 		 458 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.736934  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 454 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 		 449 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4065  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 463 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 		 458 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 455 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000534801  unclonable  0.0000000336351 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  31.45 
 
 		 457 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  28 
 
 		 458 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 		 466 aa  146  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1254  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877162  hitchhiker  0.000367617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2624  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.32 
 
 		 435 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000009971 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000850  probable two-component system sensor kinase  33.23 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 429 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1214  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 463 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 449 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2798  two-component sensor protein  31.42 
 
 		 462 aa  144  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.1676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 		 455 aa  142  9e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  0.00000000404182 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4220  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 472 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345357  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  28.16 
 
 		 458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 		 449 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 		 570 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  27.33 
 
 		 449 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 		 420 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37040  sensory histidine protein kinase, two component  32.03 
 
 		 443 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.550956  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4389  two-component sensor protein  34.93 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  34.93 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000360495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3963  two-component sensor PfeS  38.83 
 
 		 446 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  34.93 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  34.93 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  30.97 
 
 		 471 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  34.56 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0212  histidine kinase  34.52 
 
 		 408 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0631257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3137  histidine kinase  35.11 
 
 		 469 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00554367  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0193  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 426 aa  131  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03797  two-component sensor protein  33.1 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03746  hypothetical protein  33.1 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.228988  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 448 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29360  two-component sensor PfeS  38.89 
 
 		 446 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0509  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 		 427 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0578  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.15 
 
 		 448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.317662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.268392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0150  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1448  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 524 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0877  histidine kinase  31.91 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000773434  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4073  histidine kinase  32.76 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  32.76 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4391  two-component sensor protein  32.76 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4304  two-component sensor protein  32.76 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335985  hitchhiker  0.00831139 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4142  two-component sensor protein  32.76 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>