More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0509 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0509  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 427 aa  862    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0258  histidine kinase  57.24 
 
 		 398 aa  438  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0150  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.44 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0193  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  56.74 
 
 		 426 aa  430  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0212  histidine kinase  56.74 
 
 		 408 aa  431  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0631257  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0274  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.21 
 
 		 413 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0327  histidine kinase  55.26 
 
 		 408 aa  411  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  54.42 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0207  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  53.65 
 
 		 440 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0736  histidine kinase  39.61 
 
 		 431 aa  257  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2642  putative two component sensor histidine kinase protein  53.8 
 
 		 496 aa  238  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8577  histidine kinase  48.48 
 
 		 415 aa  229  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558489  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3565  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.45 
 
 		 414 aa  203  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879307  normal  0.151429 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2013  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 410 aa  199  7e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.201055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 		 536 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  30.16 
 
 		 436 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  29.28 
 
 		 432 aa  160  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0557058 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  29.73 
 
 		 433 aa  160  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  30.3 
 
 		 433 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  29.95 
 
 		 433 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  30.07 
 
 		 433 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  29.5 
 
 		 433 aa  159  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  29.5 
 
 		 433 aa  158  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1795  sensor protein RstB  29.5 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0023579  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  29.84 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  29.84 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  29.5 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  29.5 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  29.5 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 		 430 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  29.5 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 		 469 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  34 
 
 		 453 aa  152  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  34.06 
 
 		 536 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 		 458 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  32.08 
 
 		 461 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 563 aa  150  5e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 461 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  32.93 
 
 		 428 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3125  histidine kinase  36.39 
 
 		 490 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442668 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  31.72 
 
 		 428 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 		 535 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  29.84 
 
 		 435 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 535 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 		 446 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 		 456 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 427 aa  143  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000439067  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 		 456 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  34.23 
 
 		 538 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1427  sensor protein RstB  34.98 
 
 		 439 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  35.31 
 
 		 442 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  35.31 
 
 		 442 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  34.01 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  35.31 
 
 		 442 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0032  histidine kinase  30.45 
 
 		 423 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 535 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.238567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 		 546 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  33.55 
 
 		 464 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  34.97 
 
 		 442 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  34.97 
 
 		 442 aa  140  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  34.97 
 
 		 442 aa  140  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2105  histidine kinase  37.01 
 
 		 480 aa  139  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.922613 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 535 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  32.89 
 
 		 434 aa  139  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 		 467 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 		 445 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  31.58 
 
 		 472 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 446 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 		 420 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.67 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 		 459 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  28.17 
 
 		 451 aa  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  34.64 
 
 		 450 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 515 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.880509  hitchhiker  0.00000493136 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 454 aa  136  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1320  histidine kinase  31.34 
 
 		 457 aa  136  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000161164  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  34.86 
 
 		 442 aa  136  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1807  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 		 490 aa  136  9e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0131538  normal  0.162192 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 		 422 aa  135  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000233737  normal  0.0772482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 		 446 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000501512  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 		 446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4596  osmolarity sensor protein  31.02 
 
 		 430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.115572  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0881  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.26 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236572 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0329  osmolarity sensor protein EnvZ  35.82 
 
 		 440 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3107  histidine kinase  33.33 
 
 		 428 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1632  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 535 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 449 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  31.91 
 
 		 433 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3001  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 429 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0091  histidine kinase  29.21 
 
 		 386 aa  134  3.9999999999999996e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 		 428 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 449 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0259  sensor histidine kinase  35.03 
 
 		 440 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 429 aa  133  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3185  ATPase domain-containing protein  31.56 
 
 		 422 aa  133  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00240847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 		 523 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3595  sensor protein RstB, putative  30.56 
 
 		 440 aa  133  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  32.7 
 
 		 449 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1366  histidine kinase  35.41 
 
 		 463 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0287357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>