More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0258 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0258  histidine kinase  100 
 
 		 398 aa  781    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0212  histidine kinase  59.51 
 
 		 408 aa  431  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0631257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0327  histidine kinase  61.18 
 
 		 408 aa  428  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0193  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.27 
 
 		 426 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0274  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.04 
 
 		 413 aa  425  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0150  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.84 
 
 		 414 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0509  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  57.24 
 
 		 427 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  58.66 
 
 		 431 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0207  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  57.18 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0736  histidine kinase  46.42 
 
 		 431 aa  283  4.0000000000000003e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8577  histidine kinase  52.9 
 
 		 415 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558489  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2642  putative two component sensor histidine kinase protein  50.45 
 
 		 496 aa  242  7e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3565  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  54.58 
 
 		 414 aa  219  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879307  normal  0.151429 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2013  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44.85 
 
 		 410 aa  212  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.201055 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  37.85 
 
 		 435 aa  169  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 563 aa  164  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 458 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 		 469 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  31.47 
 
 		 436 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  30.77 
 
 		 433 aa  160  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  34.12 
 
 		 461 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  31.47 
 
 		 433 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 		 461 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  35.37 
 
 		 434 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  30.54 
 
 		 433 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  34.98 
 
 		 432 aa  157  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  34.03 
 
 		 451 aa  156  7e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 		 536 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 		 428 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  36.25 
 
 		 428 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.15 
 
 		 456 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  30.07 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3107  histidine kinase  37.81 
 
 		 428 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2581  sensor protein RstB  34.12 
 
 		 437 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0881  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 		 453 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236572 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 		 456 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  34.42 
 
 		 428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.758542 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  36.46 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2324  histidine kinase  34.43 
 
 		 561 aa  153  5e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00982982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  36.11 
 
 		 433 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  36.11 
 
 		 433 aa  152  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  36.86 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  36.11 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  36.43 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  36.43 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  36.43 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  36.43 
 
 		 442 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  36.43 
 
 		 442 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1795  sensor protein RstB  36.11 
 
 		 433 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0023579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2276  sensor protein RstB  33.45 
 
 		 437 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0559162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  33.77 
 
 		 536 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  36.06 
 
 		 442 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2021  signal transduction histidine kinase sensor  34.1 
 
 		 561 aa  149  7e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.887772 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3001  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.54 
 
 		 429 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1889  histidine kinase  35.51 
 
 		 476 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.984041  normal  0.410021 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  35.76 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4596  osmolarity sensor protein  32.66 
 
 		 430 aa  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.115572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  35.76 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  35.76 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  35.76 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1825  sensor protein RstB  35.07 
 
 		 434 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.213724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1936  sensor protein RstB  35.07 
 
 		 434 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 		 389 aa  146  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 		 535 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 440 aa  145  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36.99 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 		 420 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 454 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  29.76 
 
 		 428 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  32.61 
 
 		 455 aa  144  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 		 459 aa  143  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  31.23 
 
 		 472 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  32.61 
 
 		 455 aa  143  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 		 430 aa  143  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  36.33 
 
 		 538 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 535 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 449 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1814  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.54 
 
 		 493 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.181871  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 535 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  34.63 
 
 		 449 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1427  sensor protein RstB  35.19 
 
 		 439 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 546 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3137  histidine kinase  36.07 
 
 		 469 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00554367  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3125  histidine kinase  35.88 
 
 		 490 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 449 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  33.22 
 
 		 464 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0645  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 		 467 aa  139  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1455  histidine kinase  30.61 
 
 		 467 aa  139  7e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00585199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1031  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.74 
 
 		 431 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.286161  normal  0.755502 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2353  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.08 
 
 		 428 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.657028  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  36.3 
 
 		 452 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0195  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 		 377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4890  histidine kinase  36.13 
 
 		 465 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 430 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  35.19 
 
 		 449 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9262  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.11 
 
 		 457 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  29.93 
 
 		 431 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>