More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0310 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  69.15 
 
 		 454 aa  634    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 466 aa  943    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  68.49 
 
 		 458 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  68.49 
 
 		 458 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  68.71 
 
 		 458 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  66.59 
 
 		 449 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  66.38 
 
 		 449 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  66.38 
 
 		 449 aa  617  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  68.39 
 
 		 471 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  67.69 
 
 		 449 aa  598  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.09 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  0.00000000404182 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.19 
 
 		 459 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000534801  unclonable  0.0000000336351 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  63.7 
 
 		 458 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  66.59 
 
 		 449 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.88 
 
 		 455 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  58.21 
 
 		 453 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002218  copper sensory histidine kinase CpxA  36.03 
 
 		 464 aa  244  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00500804  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00150  two-component sensor protein  35.74 
 
 		 468 aa  242  7.999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2798  two-component sensor protein  38.24 
 
 		 462 aa  240  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.1676  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0127  two-component sensor protein  40.32 
 
 		 456 aa  236  7e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.581229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0135  two-component sensor protein  40.05 
 
 		 456 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2265  two-component sensor protein  35.5 
 
 		 464 aa  231  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000076955  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0083  two-component sensor protein  38.54 
 
 		 458 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4133  two-component sensor protein  38.54 
 
 		 458 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000603711  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0080  two-component sensor protein  38.54 
 
 		 458 aa  230  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  40.94 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4073  histidine kinase  40.94 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4304  two-component sensor protein  40.94 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335985  hitchhiker  0.00831139 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4142  two-component sensor protein  40.94 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4811  two-component sensor protein  41.01 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5366  two-component sensor protein  40.94 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.135229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4445  two-component sensor protein  40.94 
 
 		 457 aa  230  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4391  two-component sensor protein  40.94 
 
 		 457 aa  229  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03797  two-component sensor protein  40.68 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197394  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  39.9 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000360495 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  39.9 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  39.9 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03746  hypothetical protein  40.68 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.228988  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 		 467 aa  228  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4389  two-component sensor protein  39.9 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  39.9 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3851  two-component sensor protein  40.74 
 
 		 456 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.257653  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1563  two-component sensor protein  34.05 
 
 		 462 aa  225  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0211218  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00536  putative sensor histidine kinase protein  34.66 
 
 		 453 aa  220  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  31.85 
 
 		 455 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4034  two-component sensor protein  39.11 
 
 		 456 aa  219  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4061  two-component sensor protein  40.16 
 
 		 457 aa  219  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000114618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  37.61 
 
 		 452 aa  218  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  31.42 
 
 		 455 aa  215  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  32.5 
 
 		 465 aa  207  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  32.48 
 
 		 472 aa  204  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  40.4 
 
 		 459 aa  196  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.19 
 
 		 457 aa  184  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  35.69 
 
 		 381 aa  182  9.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2624  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.59 
 
 		 435 aa  179  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000009971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  40 
 
 		 412 aa  179  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 445 aa  179  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 		 421 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 		 440 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 		 442 aa  176  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 419 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 420 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  35.19 
 
 		 449 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 		 449 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  34.88 
 
 		 449 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.95 
 
 		 454 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  35.96 
 
 		 465 aa  168  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  30.97 
 
 		 416 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  36.95 
 
 		 429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  38.33 
 
 		 428 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 		 469 aa  166  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  36.24 
 
 		 480 aa  164  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  37.86 
 
 		 428 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 429 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3412  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 		 471 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7490  Signal transduction histidine kinase  36 
 
 		 423 aa  161  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  34.49 
 
 		 456 aa  161  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 		 439 aa  160  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 		 455 aa  158  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  30.57 
 
 		 471 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1866  putative two-component system sensor kinase  38.08 
 
 		 468 aa  156  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  30.54 
 
 		 450 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0194  two-component system sensor protein, histidine kinase  34.23 
 
 		 461 aa  154  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0627121  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 444 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6144  Signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 		 433 aa  153  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 446 aa  153  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 		 425 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 		 536 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 		 446 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000501512  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.57 
 
 		 458 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  30.99 
 
 		 433 aa  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_003296  RS03089  two-component transmembrane sensor kinase transcription regulator protein  34.4 
 
 		 365 aa  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.435396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 		 446 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  0.0000182562 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 427 aa  150  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 		 446 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 449 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 		 449 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 448 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 		 446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>