More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4162 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 98 aa  194  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  79.17 
 
 		 101 aa  154  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  78.12 
 
 		 99 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  78.12 
 
 		 99 aa  150  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  78.12 
 
 		 99 aa  150  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  76.04 
 
 		 101 aa  148  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  78.72 
 
 		 97 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  80.22 
 
 		 107 aa  147  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  79.12 
 
 		 102 aa  146  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 		 97 aa  142  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  75.53 
 
 		 97 aa  140  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 97 aa  135  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 131 aa  133  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  65.59 
 
 		 106 aa  122  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 99 aa  120  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  65.59 
 
 		 97 aa  118  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  63.44 
 
 		 97 aa  113  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 81 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 81 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 81 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 74 aa  67  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  56.67 
 
 		 81 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  44.62 
 
 		 68 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 81 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  48.39 
 
 		 72 aa  62  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.77 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 86 aa  60.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  52.46 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.94 
 
 		 70 aa  59.7  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 79 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 81 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 66 aa  57  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 71 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  46.77 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 71 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  49.09 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  37.5 
 
 		 376 aa  53.5  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 192 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  45 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 209 aa  53.5  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 		 200 aa  52.4  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 86 aa  52  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  42.19 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  33.33 
 
 		 208 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.14 
 
 		 203 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 215 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 183 aa  50.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 118 aa  50.8  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  39.68 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  35.71 
 
 		 377 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0415  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187389  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 248 aa  50.4  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 85 aa  50.4  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>