More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1126 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 
450 aa  896  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  79.07 
 
 
453 aa  700  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  71.33 
 
 
442 aa  564  1e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  64.3 
 
 
512 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  61.1 
 
 
469 aa  492  1e-138  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  61.79 
 
 
446 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  59.18 
 
 
447 aa  472  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  58.89 
 
 
491 aa  471  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  60.65 
 
 
405 aa  466  1e-130  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  55.03 
 
 
451 aa  444  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2439  TolC family type I secretion outer membrane protein  52.25 
 
 
443 aa  390  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.690734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  46.44 
 
 
493 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  46.95 
 
 
497 aa  360  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  42.22 
 
 
484 aa  322  9e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.44 
 
 
488 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.67 
 
 
478 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  43.97 
 
 
441 aa  315  1e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.4 
 
 
480 aa  310  4e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  42.86 
 
 
437 aa  310  4e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.73 
 
 
434 aa  309  6e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.61 
 
 
489 aa  289  7e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.75 
 
 
468 aa  271  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0258  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.96 
 
 
539 aa  239  8e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  36.55 
 
 
440 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.93 
 
 
484 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.39 
 
 
450 aa  232  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.68 
 
 
442 aa  220  4e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  35.15 
 
 
445 aa  220  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  33.86 
 
 
434 aa  219  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.35514e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.47 
 
 
461 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.65 
 
 
477 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.42 
 
 
442 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.16 
 
 
452 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  32.66 
 
 
443 aa  213  4e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  6.11538e-05  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.29 
 
 
453 aa  213  5e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.26 
 
 
436 aa  213  6e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.14483e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  33.48 
 
 
435 aa  213  7e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.56355e-08  hitchhiker  5.11139e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  33.48 
 
 
435 aa  213  8e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  5.55232e-06  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  35.31 
 
 
481 aa  213  8e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  34.62 
 
 
435 aa  212  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.09945e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  33.48 
 
 
435 aa  212  9e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.45313e-06  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2830  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.18 
 
 
455 aa  212  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0538261  hitchhiker  0.00247347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  35.4 
 
 
482 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  33.18 
 
 
448 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.76987e-07  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  34.07 
 
 
462 aa  211  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.44286e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.59 
 
 
455 aa  210  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  35.59 
 
 
442 aa  209  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.01167e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  34.01 
 
 
441 aa  209  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.83275e-07  unclonable  1.04798e-10 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  33.94 
 
 
438 aa  208  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.58125e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.2 
 
 
480 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  34.72 
 
 
444 aa  207  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.99 
 
 
477 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  33.8 
 
 
454 aa  206  5e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.85 
 
 
477 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.78 
 
 
456 aa  206  6e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.06 
 
 
478 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.99 
 
 
477 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.62 
 
 
452 aa  205  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.03 
 
 
498 aa  204  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.9 
 
 
452 aa  203  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  33.26 
 
 
435 aa  202  1e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  34.46 
 
 
452 aa  202  1e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  32.02 
 
 
469 aa  202  1e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  31.42 
 
 
470 aa  201  2e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.26 
 
 
479 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  31.51 
 
 
463 aa  199  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  31.32 
 
 
494 aa  198  1e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  32.96 
 
 
479 aa  198  2e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  30.75 
 
 
464 aa  198  2e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  30.75 
 
 
464 aa  198  2e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  34.42 
 
 
431 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  33.03 
 
 
432 aa  197  4e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.29322e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  33.71 
 
 
449 aa  196  8e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.9 
 
 
445 aa  195  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.29 
 
 
449 aa  195  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  30.98 
 
 
465 aa  194  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.19 
 
 
616 aa  192  1e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  31.89 
 
 
441 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  33.26 
 
 
616 aa  191  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  32.02 
 
 
435 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.13836e-08  hitchhiker  8.82186e-11 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  32.24 
 
 
435 aa  190  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.21601e-07  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  32.24 
 
 
435 aa  190  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.08694e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  32.24 
 
 
435 aa  190  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.84345e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  32.78 
 
 
479 aa  189  6e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  30.57 
 
 
497 aa  189  6e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.33 
 
 
446 aa  189  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  31.74 
 
 
493 aa  189  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  30.73 
 
 
489 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  30.82 
 
 
463 aa  189  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  6.73159e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  30.73 
 
 
489 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  30.73 
 
 
489 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  30.73 
 
 
489 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  30.73 
 
 
489 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  31.51 
 
 
493 aa  187  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  31.51 
 
 
493 aa  187  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  31.51 
 
 
495 aa  187  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  31.51 
 
 
493 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  31.51 
 
 
493 aa  187  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  31.51 
 
 
495 aa  187  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.51 
 
 
493 aa  187  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>