More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3858 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3858  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 155 aa  310  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1044  transcriptional regulator NrdR  91.5 
 
 		 175 aa  285  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4463  transcriptional regulator NrdR  90.85 
 
 		 154 aa  284  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11380  transcriptional regulator NrdR  91.5 
 
 		 154 aa  285  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.165423  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0689  hypothetical protein  90.85 
 
 		 154 aa  284  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06700  transcriptional regulator NrdR  91.5 
 
 		 154 aa  283  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0566  transcriptional regulator NrdR  90.2 
 
 		 154 aa  281  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0513  transcriptional regulator NrdR  89.54 
 
 		 154 aa  280  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.579451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0548  transcriptional regulator NrdR  89.54 
 
 		 154 aa  280  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0559  transcriptional regulator NrdR  88.89 
 
 		 154 aa  278  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5020  transcriptional regulator NrdR  88.89 
 
 		 154 aa  279  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0842  ATP-cone domain-containing protein  77.18 
 
 		 172 aa  243  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3459  transcriptional regulator NrdR  72.55 
 
 		 156 aa  233  9e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.007384 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2586  transcriptional regulator NrdR  74.03 
 
 		 161 aa  231  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1186  transcriptional regulator NrdR  69.48 
 
 		 157 aa  229  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.526679  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1161  transcriptional regulator NrdR  71.81 
 
 		 149 aa  228  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000702599  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1272  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  224  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00612779  hitchhiker  0.000000016525 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1659  transcriptional regulator NrdR  71.52 
 
 		 165 aa  223  7e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.242165  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1381  transcriptional regulator NrdR  69.13 
 
 		 149 aa  222  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00201754  hitchhiker  0.0000201211 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3470  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  221  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  221  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  71.43 
 
 		 149 aa  221  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1095  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  221  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.287796  normal  0.608767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1161  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  221  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.860678  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1095  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  221  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146085  normal  0.938869 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  221  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3161  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.769122  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1210  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3160  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.166441  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3304  transcriptional regulator NrdR  70.47 
 
 		 149 aa  220  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.311833  hitchhiker  0.000761879 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1034  transcriptional regulator NrdR  69.13 
 
 		 149 aa  220  4.9999999999999996e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0182985  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0729  transcriptional regulator NrdR  66.22 
 
 		 165 aa  219  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02986  transcriptional regulator NrdR  70.95 
 
 		 149 aa  219  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000784776  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2026  transcriptional regulator NrdR  69.74 
 
 		 174 aa  218  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1015  transcriptional regulator NrdR  69.13 
 
 		 149 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1143  transcriptional regulator NrdR  68.71 
 
 		 149 aa  216  7e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.086063  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  69.48 
 
 		 157 aa  216  7.999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  69.48 
 
 		 157 aa  216  7.999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2900  transcriptional regulator NrdR  71.43 
 
 		 149 aa  215  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.708729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00361  hypothetical protein  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.489757  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3196  ATP-cone domain protein  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.226098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0444  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3091  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.441294  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3220  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108908 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0484  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1310  transcriptional regulator NrdR  68.24 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00365  hypothetical protein  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.376997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0495  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0449  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  214  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1071  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 149 aa  213  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.472866  hitchhiker  0.0011429 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  65.77 
 
 		 149 aa  213  8e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0475  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0456  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0462  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0334  transcriptional regulator NrdR  70.07 
 
 		 149 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.402323  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0454  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0517  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3162  transcriptional regulator NrdR  70.07 
 
 		 149 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3118  transcriptional regulator NrdR  70.07 
 
 		 149 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.125691  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3259  transcriptional regulator NrdR  70.07 
 
 		 149 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.231243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3286  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 		 149 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4051  ATP-cone domain-containing protein  66.67 
 
 		 170 aa  209  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1024  transcriptional regulator NrdR  68.71 
 
 		 149 aa  209  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0881  transcriptional regulator NrdR  68.03 
 
 		 149 aa  209  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1051  transcriptional regulator NrdR  68.03 
 
 		 149 aa  208  3e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0419626  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1439  ATP-cone domain-containing protein  65.99 
 
 		 151 aa  205  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1558  ATP-cone domain protein  65.33 
 
 		 172 aa  204  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.609001  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0374  transcriptional regulator NrdR  66.67 
 
 		 151 aa  204  5e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233344  normal  0.151767 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  63.09 
 
 		 154 aa  203  6e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0792  transcriptional regulator NrdR  64 
 
 		 155 aa  190  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2142  transcriptional regulator NrdR  58.5 
 
 		 152 aa  189  9e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.497739  hitchhiker  0.00230243 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0576  transcriptional regulator NrdR  57.42 
 
 		 173 aa  189  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0763  transcriptional regulator NrdR  63.33 
 
 		 155 aa  189  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2471  transcriptional regulator NrdR  57.82 
 
 		 152 aa  187  5.999999999999999e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0901  transcriptional regulator NrdR  60.54 
 
 		 155 aa  186  9e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2386  transcriptional regulator NrdR  57.82 
 
 		 153 aa  185  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000689968 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1910  transcriptional regulator NrdR  58.71 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.658817  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1849  transcriptional regulator NrdR  58.71 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  52.26 
 
 		 157 aa  173  8e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1870  ATP-cone domain protein  54 
 
 		 175 aa  173  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0173764  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  54 
 
 		 150 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1916  transcriptional regulator NrdR  55.1 
 
 		 148 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3913  transcriptional regulator NrdR  56.58 
 
 		 160 aa  167  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275077  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0604  transcriptional regulator NrdR  56.25 
 
 		 154 aa  166  8e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0005  transcriptional regulator NrdR  56.33 
 
 		 159 aa  166  9e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04403  transcriptional regulator NrdR  59.42 
 
 		 162 aa  166  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.697119  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  54.05 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  55.48 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  55.48 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  55.48 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  55.48 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2939  transcriptional regulator NrdR  55 
 
 		 147 aa  165  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.634156 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0296  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 163 aa  165  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0677  transcriptional regulator NrdR  53.38 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.726709  normal  0.692453 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0472  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 163 aa  165  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.687081  hitchhiker  0.000432977 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2059  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000239578  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  55.48 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  55.48 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>