More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1085 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
475 aa  943  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  60.76 
 
 
476 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  60.68 
 
 
473 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.29974e-15 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  51.66 
 
 
494 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  51.87 
 
 
494 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  52.44 
 
 
494 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  51.65 
 
 
494 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  51.87 
 
 
494 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  51.65 
 
 
509 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  52.68 
 
 
495 aa  458  1e-128  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  50 
 
 
489 aa  454  1e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  50.94 
 
 
485 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  48.42 
 
 
504 aa  446  1e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.65 
 
 
490 aa  441  1e-122  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  48.53 
 
 
478 aa  441  1e-122  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  50.31 
 
 
485 aa  441  1e-122  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
504 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  47.19 
 
 
490 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  49.8 
 
 
493 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
574 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  49.59 
 
 
493 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  49.39 
 
 
570 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 
477 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2013  GntR family transcriptional regulator  50.42 
 
 
498 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  49.69 
 
 
502 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
491 aa  365  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  46.02 
 
 
488 aa  358  1e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  46.72 
 
 
488 aa  353  5e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.88 
 
 
488 aa  352  6e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  40.04 
 
 
490 aa  311  1e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
496 aa  302  9e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  38.17 
 
 
503 aa  301  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 
496 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  37.94 
 
 
493 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4020  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  37.21 
 
 
499 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.703474  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2951  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
475 aa  298  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.604196  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  38.41 
 
 
475 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
501 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  38.13 
 
 
509 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.14 
 
 
499 aa  296  5e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.48 
 
 
496 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
509 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  39.92 
 
 
503 aa  294  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
509 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  7.22465e-07 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  36.58 
 
 
520 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  1.52055e-05  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.83 
 
 
472 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
502 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  38.66 
 
 
496 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
502 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  39.16 
 
 
502 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
477 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  40.59 
 
 
488 aa  290  4e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  38.53 
 
 
501 aa  290  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
501 aa  288  1e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
501 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  37.68 
 
 
508 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  2.08159e-08  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
503 aa  287  3e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
492 aa  286  6e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  34.39 
 
 
470 aa  286  8e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.82 
 
 
495 aa  284  2e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4136  transcriptional regulator  41.54 
 
 
515 aa  284  2e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.53433  normal  0.112546 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.98 
 
 
465 aa  283  5e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0937  GntR family transcriptional regulator  37.47 
 
 
486 aa  283  6e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 
569 aa  282  7e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
501 aa  282  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.29 
 
 
471 aa  282  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.55 
 
 
501 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
502 aa  282  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
490 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  39.16 
 
 
502 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  35.46 
 
 
520 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
517 aa  279  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  6.15538e-06  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 
564 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3668  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.7 
 
 
472 aa  278  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.271515  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  38 
 
 
561 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.27 
 
 
497 aa  278  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478.1  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 
546 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0811  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 
564 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  38.18 
 
 
520 aa  277  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.93 
 
 
489 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
492 aa  276  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.05 
 
 
497 aa  275  1e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4833  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
485 aa  275  1e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  35.71 
 
 
485 aa  274  2e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  38.56 
 
 
509 aa  274  2e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
492 aa  274  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5786  transcriptional regulator  41.7 
 
 
492 aa  273  5e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.61313  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.5 
 
 
485 aa  273  5e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2118  GntR family transcriptional regulator  38.09 
 
 
562 aa  273  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0506592  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1330  GntR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
490 aa  272  8e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.68349 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4112  transcriptional regulator  36.36 
 
 
495 aa  272  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4413  transcriptional regulator  41.46 
 
 
490 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0397  transcriptional regulator  37.8 
 
 
564 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.493491  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71680  GntR family transcriptional regulator  44.72 
 
 
491 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1824  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
564 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  39.1 
 
 
476 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
492 aa  271  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3858  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.24 
 
 
491 aa  271  3e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
485 aa  271  3e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  37.11 
 
 
523 aa  271  3e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.791352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>