More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0204 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  100 
 
 		 257 aa  517  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  81.85 
 
 		 251 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  77.91 
 
 		 259 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  80.32 
 
 		 251 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  80.49 
 
 		 259 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  77.73 
 
 		 263 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  77.33 
 
 		 254 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  77.33 
 
 		 254 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  74.3 
 
 		 263 aa  377  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  76.21 
 
 		 255 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  74.9 
 
 		 255 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02799  hypothetical protein  71.95 
 
 		 254 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00647704  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02849  DNA-binding transcriptional dual regulator, glycolate-binding  71.95 
 
 		 254 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0051984  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0716  GntR domain protein  71.95 
 
 		 254 aa  363  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3258  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.95 
 
 		 256 aa  363  2e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3153  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.95 
 
 		 254 aa  363  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0720  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.95 
 
 		 254 aa  363  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3440  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.95 
 
 		 254 aa  363  2e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.6 
 
 		 256 aa  362  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  70.36 
 
 		 256 aa  362  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.2 
 
 		 256 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  76.52 
 
 		 255 aa  354  6.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7453  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  71.56 
 
 		 253 aa  292  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.944668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  45.64 
 
 		 253 aa  194  9e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 255 aa  168  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 257 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  37.07 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  36.48 
 
 		 258 aa  158  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  35.92 
 
 		 255 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 257 aa  149  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  36.73 
 
 		 255 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  36.33 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  36.75 
 
 		 255 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  33.47 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  35.89 
 
 		 256 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  34.15 
 
 		 248 aa  138  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  36.89 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  36.89 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1719  GntR domain-containing protein  37.86 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  hitchhiker  0.00929417 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  34.43 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  34.02 
 
 		 256 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  34.25 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 255 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  34.65 
 
 		 255 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 		 250 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 		 250 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  33.6 
 
 		 250 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  33.2 
 
 		 250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  33.2 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  34.58 
 
 		 251 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  37.82 
 
 		 270 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  36.03 
 
 		 270 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 255 aa  125  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  35.56 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 255 aa  125  8.000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  32.39 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  33.19 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  32.39 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  32.39 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  32.39 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  31.98 
 
 		 250 aa  123  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  32.65 
 
 		 250 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  33.2 
 
 		 254 aa  122  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  31.3 
 
 		 263 aa  121  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  32.24 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  31.84 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  32.74 
 
 		 255 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  31.43 
 
 		 250 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 366 aa  118  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.6 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  33.04 
 
 		 255 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  31.43 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  31.43 
 
 		 250 aa  116  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 228 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  33.98 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 318 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  31.93 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  31.47 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.2 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.2 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.2 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.6 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  32 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>