197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2004 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  100 
 
 		 161 aa  327  3e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  46.39 
 
 		 166 aa  140  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  43.83 
 
 		 158 aa  131  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  48.75 
 
 		 153 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  45.12 
 
 		 145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  45.4 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  44.85 
 
 		 161 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  46.34 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  44.24 
 
 		 161 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  43.56 
 
 		 162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  41.36 
 
 		 162 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  44.1 
 
 		 156 aa  124  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  43.48 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  43.48 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  43.48 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  44.44 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  42.86 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  42.42 
 
 		 163 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  42.86 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  43.12 
 
 		 146 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  43.12 
 
 		 146 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  42.14 
 
 		 146 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  44.1 
 
 		 148 aa  120  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  41.61 
 
 		 149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  41.61 
 
 		 149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  41.61 
 
 		 149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  42.26 
 
 		 166 aa  117  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  41.61 
 
 		 149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  41.61 
 
 		 149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  41.88 
 
 		 150 aa  117  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  42.26 
 
 		 185 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  42.33 
 
 		 156 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  42.33 
 
 		 156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  42.86 
 
 		 167 aa  115  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  42.59 
 
 		 156 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  42.59 
 
 		 156 aa  114  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  41.52 
 
 		 168 aa  113  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  41.98 
 
 		 156 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  41.36 
 
 		 156 aa  111  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  41.36 
 
 		 156 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  37.8 
 
 		 146 aa  111  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  42.17 
 
 		 157 aa  110  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  41.36 
 
 		 155 aa  110  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0282  LysM domain/BON superfamily protein  41.25 
 
 		 146 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  39.64 
 
 		 195 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  36.63 
 
 		 168 aa  104  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  35.85 
 
 		 143 aa  104  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  36.63 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  42.77 
 
 		 154 aa  103  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  36.65 
 
 		 146 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  36.02 
 
 		 156 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  36.02 
 
 		 156 aa  88.6  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  36.02 
 
 		 156 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  36.02 
 
 		 156 aa  89  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  48.65 
 
 		 97 aa  72  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  52.94 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2228  Peptidoglycan-binding LysM  52.94 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00208524  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  39.06 
 
 		 1910 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 367 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  51.02 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 364 aa  54.3  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0285  peptidoglycan-binding LysM  46.94 
 
 		 1095 aa  54.3  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 395 aa  54.3  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  45.45 
 
 		 230 aa  53.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 356 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 		 238 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 651 aa  53.1  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0425  peptidoglycan-binding LysM  52 
 
 		 334 aa  52.8  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0216464  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1611  peptidoglycan-binding LysM  52 
 
 		 334 aa  52.8  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000139366  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  45.31 
 
 		 1091 aa  52  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1464  LysM domain-containing protein  41.82 
 
 		 229 aa  51.2  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.026138  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  42.59 
 
 		 390 aa  51.6  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  41.27 
 
 		 440 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  39.66 
 
 		 352 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  35.94 
 
 		 546 aa  51.2  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  41.27 
 
 		 440 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  41.51 
 
 		 388 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  39.34 
 
 		 380 aa  50.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 409 aa  50.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  39.39 
 
 		 546 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 		 439 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0072  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  44 
 
 		 334 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.859252  normal  0.733338 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  41.79 
 
 		 954 aa  49.7  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  36.54 
 
 		 339 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  40.68 
 
 		 1079 aa  49.7  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  41.67 
 
 		 405 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  39.29 
 
 		 234 aa  48.9  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  41.38 
 
 		 1051 aa  48.9  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  29.7 
 
 		 503 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  36.78 
 
 		 345 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 343 aa  48.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 		 334 aa  48.5  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  36.67 
 
 		 242 aa  48.5  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 428 aa  48.5  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  35.42 
 
 		 552 aa  48.1  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1487  peptidoglycan-binding LysM  39.62 
 
 		 425 aa  48.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>