140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0072 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  100 
 
 
225 aa  447  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.84 
 
 
228 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  29.54 
 
 
230 aa  97.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  29.54 
 
 
230 aa  97.4  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  31.96 
 
 
225 aa  94.7  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  33.16 
 
 
228 aa  93.2  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  31.28 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  32.84 
 
 
234 aa  86.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  34.12 
 
 
261 aa  86.3  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  32.32 
 
 
229 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.84 
 
 
236 aa  86.3  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  34 
 
 
236 aa  85.5  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.78 
 
 
232 aa  85.1  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.49 
 
 
239 aa  84.7  1e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  27.82 
 
 
283 aa  83.2  3e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.71 
 
 
207 aa  81.6  9e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  31.33 
 
 
255 aa  80.5  2e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  26.56 
 
 
229 aa  80.1  3e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.81 
 
 
206 aa  78.6  7e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.3 
 
 
206 aa  77.8  1e-13  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  33.33 
 
 
248 aa  76.3  3e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  29.46 
 
 
207 aa  76.3  4e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  31.45 
 
 
211 aa  75.9  4e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  1.66827e-05 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.76 
 
 
250 aa  75.9  5e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.14 
 
 
206 aa  75.1  9e-13  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  28.5 
 
 
213 aa  74.7  1e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.77 
 
 
240 aa  74.7  1e-12  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  30.82 
 
 
211 aa  74.3  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  4.0892e-05 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  30.81 
 
 
240 aa  74.7  1e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  30.54 
 
 
204 aa  73.9  2e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  29.61 
 
 
258 aa  72.4  5e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  24.4 
 
 
254 aa  70.9  1e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  32.1 
 
 
205 aa  70.9  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.44 
 
 
207 aa  70.1  2e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  29.27 
 
 
207 aa  69.7  3e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  31.14 
 
 
244 aa  69.7  3e-11  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  31.36 
 
 
447 aa  69.3  5e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  27.98 
 
 
213 aa  69.3  5e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  28.05 
 
 
207 aa  68.6  8e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  30.81 
 
 
212 aa  67.8  1e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  27.66 
 
 
578 aa  67.8  1e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  29.19 
 
 
997 aa  67  2e-10  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  22.98 
 
 
255 aa  67  2e-10  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  31.1 
 
 
245 aa  67  2e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.99 
 
 
240 aa  66.2  3e-10  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  27.44 
 
 
207 aa  65.1  7e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  27.78 
 
 
449 aa  64.3  2e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  27.44 
 
 
452 aa  63.2  3e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  25.82 
 
 
250 aa  62.8  4e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.99 
 
 
598 aa  62  6e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  27.16 
 
 
212 aa  62.4  6e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  29.34 
 
 
248 aa  62  7e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  27.4 
 
 
454 aa  62  8e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  27.06 
 
 
201 aa  61.6  9e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2979  outer membrane protein  32.64 
 
 
212 aa  61.6  1e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  30.41 
 
 
453 aa  61.6  1e-08  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  37.4 
 
 
571 aa  60.5  2e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  29.5 
 
 
662 aa  60.1  3e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  25.69 
 
 
680 aa  59.3  4e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  27.69 
 
 
254 aa  59.3  5e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  26.07 
 
 
237 aa  58.9  6e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  26.7 
 
 
212 aa  58.5  7e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.74 
 
 
234 aa  58.5  7e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  32.23 
 
 
212 aa  58.9  7e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  27.72 
 
 
216 aa  57.8  1e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  26.01 
 
 
212 aa  57  2e-07  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  29.85 
 
 
235 aa  57.8  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  27.8 
 
 
559 aa  57.4  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.3 
 
 
710 aa  56.6  3e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  29.51 
 
 
449 aa  56.6  3e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  27.59 
 
 
276 aa  55.8  5e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  29.95 
 
 
689 aa  55.1  9e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  27.95 
 
 
219 aa  54.7  1e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  27.52 
 
 
277 aa  54.7  1e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  27.52 
 
 
278 aa  54.3  1e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  27.04 
 
 
561 aa  54.3  1e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  24.9 
 
 
284 aa  54.7  1e-06  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  7.665e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  31.82 
 
 
577 aa  54.3  2e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  28.9 
 
 
215 aa  53.5  2e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  1.70273e-05 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.67 
 
 
692 aa  53.9  2e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  24.34 
 
 
236 aa  54.3  2e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.3 
 
 
661 aa  53.9  2e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  24.88 
 
 
230 aa  53.5  3e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.09958e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  27.52 
 
 
279 aa  52.8  5e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  27.91 
 
 
550 aa  52.4  5e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  22.95 
 
 
240 aa  52  8e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  27.23 
 
 
562 aa  51.6  9e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  26.63 
 
 
212 aa  51.2  1e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  30.77 
 
 
263 aa  51.2  1e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2334  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30 
 
 
215 aa  50.4  2e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  22.22 
 
 
236 aa  50.8  2e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1215  omp25/ropB family outer membrane protein  23.4 
 
 
281 aa  50.4  2e-05  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  9.29798e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  26.9 
 
 
276 aa  50.8  2e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  1.18187e-05 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  25.11 
 
 
652 aa  49.7  4e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  21.94 
 
 
300 aa  49.3  5e-05  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  25.68 
 
 
693 aa  49.3  5e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  26.97 
 
 
570 aa  48.9  6e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2044  porin  28.11 
 
 
294 aa  48.9  6e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  26.59 
 
 
274 aa  48.5  7e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.7 
 
 
243 aa  48.5  9e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>