More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3660 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  100 
 
 		 245 aa  501  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01468  putative regulatory protein, GntR family  67.22 
 
 		 243 aa  316  3e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  60.49 
 
 		 246 aa  286  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  46.32 
 
 		 253 aa  194  9e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 256 aa  187  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  43.1 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 257 aa  168  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  43.7 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  38.79 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  36.21 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  36.64 
 
 		 255 aa  138  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  37.5 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  38.84 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  38.84 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  38.84 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  38.84 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  37.14 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  37.78 
 
 		 255 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  36.12 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  36.12 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  36.12 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  36.15 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  34.82 
 
 		 244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.65 
 
 		 258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  38.91 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.14 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  34.98 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  34.82 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.14 
 
 		 258 aa  125  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.2 
 
 		 259 aa  125  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  36.74 
 
 		 255 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  38.07 
 
 		 233 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  34.18 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.45 
 
 		 258 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.27 
 
 		 258 aa  121  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  34.55 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.55 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.55 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.55 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.55 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.09 
 
 		 258 aa  119  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  38.14 
 
 		 233 aa  119  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  36.11 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  36.11 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  36.11 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.11 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  33.78 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  33.78 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.78 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  35.27 
 
 		 240 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.11 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.11 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.11 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.8 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  36.15 
 
 		 234 aa  118  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.11 
 
 		 257 aa  118  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  36.15 
 
 		 249 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  36.73 
 
 		 244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 257 aa  115  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.18 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.18 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 269 aa  115  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 		 239 aa  115  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.18 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.19 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.19 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.19 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  39.91 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  36.65 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.19 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.19 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  38.07 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 252 aa  112  6e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  35.96 
 
 		 234 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  34.02 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  33.61 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 253 aa  109  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  35.84 
 
 		 240 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  35.84 
 
 		 240 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 245 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  31.3 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  33.06 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  33.06 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  33.06 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 251 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  37.79 
 
 		 238 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>