More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2427 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2427  serine hydroxymethyltransferase, putative  100 
 
 		 364 aa  753    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000841393  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0075  serine hydroxymethyltransferase  44.78 
 
 		 413 aa  292  5e-78  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl106  serine hydroxymethyltransferase  44.07 
 
 		 412 aa  291  2e-77  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  43.27 
 
 		 411 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  42.98 
 
 		 413 aa  281  1e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0256  serine hydroxymethyltransferase  40.91 
 
 		 411 aa  278  9e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.666958 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  43.25 
 
 		 412 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  41.55 
 
 		 413 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1649  serine hydroxymethyltransferase  41.23 
 
 		 434 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  41.53 
 
 		 418 aa  268  8.999999999999999e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  42.3 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020982  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  40.74 
 
 		 413 aa  267  2e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  41.36 
 
 		 412 aa  268  2e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  41.36 
 
 		 412 aa  268  2e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  42.12 
 
 		 415 aa  268  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  41.12 
 
 		 414 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  41.71 
 
 		 410 aa  267  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  40.46 
 
 		 413 aa  266  5e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  40.46 
 
 		 413 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1241  glycine hydroxymethyltransferase  40.57 
 
 		 414 aa  266  5.999999999999999e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  40.46 
 
 		 414 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  40.46 
 
 		 413 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  40.46 
 
 		 413 aa  265  7e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  40.46 
 
 		 412 aa  265  7e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  43.79 
 
 		 416 aa  265  8.999999999999999e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  40.17 
 
 		 414 aa  264  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  40.17 
 
 		 414 aa  264  2e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  40.17 
 
 		 413 aa  264  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  40.17 
 
 		 413 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  39.58 
 
 		 412 aa  263  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  41.43 
 
 		 410 aa  263  4.999999999999999e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  39.71 
 
 		 415 aa  259  4e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  39.71 
 
 		 415 aa  259  7e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2311  Glycine hydroxymethyltransferase  41.55 
 
 		 466 aa  259  7e-68  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000314902  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  40.62 
 
 		 415 aa  258  1e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  40.68 
 
 		 434 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  39.32 
 
 		 415 aa  258  1e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  40.36 
 
 		 422 aa  257  2e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  40.96 
 
 		 434 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0499  serine hydroxymethyltransferase  40.9 
 
 		 417 aa  256  3e-67  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.757005  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  39.43 
 
 		 415 aa  256  5e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2392  glycine hydroxymethyltransferase  39.63 
 
 		 415 aa  256  6e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0071  Glycine hydroxymethyltransferase  43.81 
 
 		 417 aa  256  6e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.30135  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16130  Glycine hydroxymethyltransferase  38.51 
 
 		 412 aa  255  9e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  39.26 
 
 		 412 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0915  Glycine hydroxymethyltransferase  42.51 
 
 		 413 aa  253  3e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0959  Glycine hydroxymethyltransferase  42.47 
 
 		 410 aa  253  3e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.587194  normal  0.162631 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  40.06 
 
 		 429 aa  253  3e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  40 
 
 		 434 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  38.86 
 
 		 415 aa  251  9.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4508  serine hydroxymethyltransferase  41.3 
 
 		 412 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.732205 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  38.59 
 
 		 420 aa  251  1e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  38.57 
 
 		 415 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0455  serine hydroxymethyltransferase  39.03 
 
 		 411 aa  249  4e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  39.43 
 
 		 413 aa  249  4e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1389  Glycine hydroxymethyltransferase  40.61 
 
 		 427 aa  249  4e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000692081  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1013  glycine hydroxymethyltransferase  41.52 
 
 		 418 aa  249  6e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3717  serine hydroxymethyltransferase  41.21 
 
 		 418 aa  249  6e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.982412  normal  0.848378 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  39.49 
 
 		 431 aa  249  7e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  38.68 
 
 		 423 aa  249  7e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf743  serine hydroxymethyltransferase  39.58 
 
 		 419 aa  249  7e-65  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2353  serine hydroxymethyltransferase  42.58 
 
 		 423 aa  249  8e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0383526  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  39.7 
 
 		 423 aa  248  8e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  38 
 
 		 415 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  39.26 
 
 		 427 aa  248  1e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  39.7 
 
 		 423 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4177  serine hydroxymethyltransferase  39.69 
 
 		 413 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000212054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  39.88 
 
 		 412 aa  247  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0436  serine hydroxymethyltransferase  38.73 
 
 		 415 aa  247  3e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0788  serine hydroxymethyltransferase  38.53 
 
 		 410 aa  246  3e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0984915  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  40.65 
 
 		 416 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  39.88 
 
 		 423 aa  246  3e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_378  serine hydroxymethyltransferase  38.44 
 
 		 415 aa  246  3e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  39.7 
 
 		 423 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0413  serine hydroxymethyltransferase  40.44 
 
 		 415 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.774669  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1264  serine hydroxymethyltransferase  41.21 
 
 		 426 aa  246  6e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4132  serine hydroxymethyltransferase  38.67 
 
 		 417 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000588766  normal  0.517769 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0745  serine hydroxymethyltransferase  38.29 
 
 		 415 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0023  serine hydroxymethyltransferase  38.97 
 
 		 436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3162  serine hydroxymethyltransferase  40.18 
 
 		 413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6283  glycine hydroxymethyltransferase  40.51 
 
 		 419 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.461604 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.16 
 
 		 566 aa  243  3e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  41.85 
 
 		 427 aa  243  3e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0221  serine hydroxymethyltransferase  41.94 
 
 		 412 aa  243  3e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3468  serine hydroxymethyltransferase  39.09 
 
 		 418 aa  243  3e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4027  glycine hydroxymethyltransferase  39.58 
 
 		 421 aa  243  5e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17117  normal  0.0123375 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0311  serine hydroxymethyltransferase  41.59 
 
 		 420 aa  242  6e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4885  serine hydroxymethyltransferase  38.95 
 
 		 417 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.551008 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  36.93 
 
 		 425 aa  242  7e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0424  Glycine hydroxymethyltransferase  41.06 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03361  serine hydroxymethyltransferase  37.22 
 
 		 411 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.498926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  41.53 
 
 		 427 aa  241  1e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0617  serine hydroxymethyltransferase  40.36 
 
 		 415 aa  241  1e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0762  serine hydroxymethyltransferase  40.34 
 
 		 417 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  37.9 
 
 		 427 aa  240  2e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  37.25 
 
 		 425 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  37.25 
 
 		 425 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0489  serine hydroxymethyltransferase  39.01 
 
 		 413 aa  240  2.9999999999999997e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2477  serine hydroxymethyltransferase  38.64 
 
 		 417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0791  serine hydroxymethyltransferase  40.06 
 
 		 417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>